Studi ilmiah tentang prinsip hereditas dan variasi sifat yang diwariskan di antara organisme terkait.
Saya agak bingung tentang pemilihan fitur dan pembelajaran mesin dan saya bertanya-tanya apakah Anda dapat membantu saya. Saya memiliki dataset microarray yang diklasifikasikan ke dalam dua kelompok dan memiliki ribuan fitur. Tujuan saya adalah mendapatkan sejumlah kecil gen (fitur saya) (10-20)...
Dengan kata lain, berdasarkan hal berikut, apa itu p? Untuk menjadikan ini masalah matematika daripada antropologi atau ilmu sosial, dan untuk menyederhanakan masalah, asumsikan bahwa pasangan dipilih dengan probabilitas yang sama di seluruh populasi, kecuali bahwa saudara kandung dan sepupu...
Saya memiliki nilai p dari banyak tes dan ingin tahu apakah sebenarnya ada sesuatu yang signifikan setelah mengoreksi beberapa pengujian. Komplikasinya: tes saya tidak independen. Metode yang saya pikirkan (varian dari Fisher's Product Method, Zaykin et al., Genet Epidemiol , 2002) membutuhkan...
Presisi didefinisikan sebagai: p = true positives / (true positives + false positives) Apakah benar bahwa, sebagai true positivesdan false positivespendekatan 0, presisi mendekati 1? Pertanyaan yang sama untuk diingat: r = true positives / (true positives + false negatives) Saat ini saya...
Dalam studi asosiasi genom-luas (GWAS): Apa komponen utama? Mengapa mereka digunakan? Bagaimana mereka dihitung? Bisakah studi asosiasi genome dilakukan tanpa menggunakan
In gene expression studies using microarrays, intensity data has to be normalized so that intensities can be compared between individuals, between genes. Conceptually, and algorithmically, how does "quantile normalization" work, and how would you explain this to a
Semoga seseorang di forum ini dapat membantu saya mengatasi masalah mendasar ini dalam studi ekspresi gen. Saya melakukan sekuensing dalam jaringan eksperimental dan kontrol. Saya kemudian memperoleh nilai pengayaan lipat gen dalam sampel eksperimental alih kontrol. Genom referensi memiliki ~...
Jika saya berhipotesis bahwa tanda tangan gen akan mengidentifikasi subjek dengan risiko kekambuhan yang lebih rendah, yaitu berkurang 0,5 (rasio bahaya 0,5) tingkat kejadian pada 20% populasi dan saya bermaksud menggunakan sampel dari studi kohort retrospektif. ukuran sampel perlu disesuaikan...
Saya mencoba untuk meringkas apa yang saya mengerti sejauh ini dalam analisis multivariat yang dihukum dengan set data dimensi tinggi, dan saya masih berjuang melalui mendapatkan definisi yang tepat dari hukuman lunak thresholding vs Lasso (atau ).L1L1L_1 Lebih tepatnya, saya menggunakan regresi...
Mengapa seseorang menggunakan usia dan usia-kuadrat sebagai kovariat dalam studi asosiasi genetik? Saya dapat memahami penggunaan usia jika telah diidentifikasi sebagai kovariat yang signifikan, tetapi saya bingung dengan penggunaan
Latar Belakang Biologis Seiring waktu, beberapa spesies tanaman cenderung menggandakan seluruh genomnya, mendapatkan salinan tambahan dari setiap gen. Karena ketidakstabilan pengaturan ini, banyak dari gen-gen ini kemudian dihapus, dan genom menata ulang dirinya sendiri dan menjadi stabil, siap...
Saya memiliki matriks , di mana p adalah jumlah gen dan n adalah jumlah pasien. Siapa pun yang bekerja dengan data tersebut tahu bahwa p selalu lebih besar dari n . Dengan menggunakan pemilihan fitur, saya mendapatkan p ke angka yang lebih masuk akal, namun p masih lebih besar dari n .n×pn×pn\times...
Dalam sebuah makalah yang saya baca baru-baru ini saya menemukan bit berikut di bagian analisis data mereka: Tabel data kemudian dipecah menjadi jaringan dan garis sel, dan kedua subtabel secara terpisah dipoles median (baris dan kolom secara iteratif disesuaikan memiliki median 0) sebelum...
Saya memiliki dua set data dari studi asosiasi genome. Satu-satunya informasi yang tersedia adalah rasio ganjil dan interval kepercayaan mereka (95%) untuk setiap SNP genotipe. Saya ingin membuat plot hutan yang membandingkan dua rasio odds ini, tetapi saya tidak dapat menemukan cara untuk...
Saya memiliki dua set data dari studi asosiasi genome. Satu-satunya informasi yang tersedia adalah rasio odds dan nilai p untuk set data pertama. Untuk set data kedua saya memiliki Odds Ratio, nilai-p dan frekuensi alel (AFD = penyakit, AFC = kontrol) (mis: 0,321). Saya mencoba melakukan...
Ambil 20 titik acak dalam ruang 10.000 dimensi dengan setiap koordinat iid dari . Bagi mereka menjadi 10 pasangan ("pasangan") dan tambahkan rata-rata setiap pasangan ("anak") ke dataset. Kemudian lakukan PCA pada 30 poin yang dihasilkan dan plot PC1 vs PC2.N(0,1)N(0,1)\mathcal N(0,1) Suatu hal...
Saya memiliki dua kelompok yang terdiri dari 10 peserta yang dinilai tiga kali selama percobaan. Untuk menguji perbedaan antara kelompok dan di tiga penilaian, saya menjalankan ANOVA desain campuran 2x3 dengan group(kontrol, eksperimental), time(pertama, kedua, tiga), dan group x time. Keduanya...
Saya memiliki 2 penelitian yang mengamati respons pasien terhadap obat yang sama. Studi 1 menemukan 10.000 gen yang diekspresikan di atas latar belakang dan 500 di antaranya diekspresikan secara berbeda dan disebut sebagai tanda respon obat. Studi 2 menemukan 1.000 gen yang mewakili tanda tangan...