Saya menjalankan simulasi dinamika molekul (MD) menggunakan beberapa paket perangkat lunak, seperti Gromacs dan DL_POLY. Gromacs sekarang mendukung algoritma dekomposisi partikel dan domain dekomposisi. Secara default, simulasi Gromacs menggunakan dekomposisi domain, meskipun selama...
Saya mencoba memahami beberapa hasil dan akan menghargai beberapa komentar umum tentang penanganan masalah nonlinier. Persamaan Fisher (PDE reaksi-difusi nonlinier), ut=duxx+βu(1−u)=F(u)ut=duxx+βu(1−u)=F(u) u_t = du_{xx} + \beta u (1 - u) = F(u) dalam bentuk
Orang-orang Ilmu Komputasi: Saya awalnya memposting pertanyaan ini di Math Stack Exchange dan seseorang berkomentar bahwa saya mungkin mendapatkan jawaban "jauh lebih baik" di sini: Saya seorang pemula dalam metode numerik dan Matlab. Saya mencoba untuk mengevaluasi jumlah berikut dari dua...
Saya perlu menghitung integral berikut: f ( E ) = T r12πi∫Cf(E)dE12πi∫Cf(E)dE {1\over 2\pi i} \int_C f(E) \, d E Di manahadalah matriks (satu partikel kinetik dan energi potensial dinyatakan dalam basis),Gadalah matriks yang bergantung padaE(fungsi satu-partikel banyak-tubuh Green) dan integral...
Saya menemukan komentar membingungkan di koran PJ van der Houwen, Pengembangan metode Runge-Kutta untuk persamaan diferensial parsial, Appl. Tidak. Matematika 20: 261, 1996 Pada baris 8ff di halaman 264, van der Houwen menulis: "Untuk polinomial Taylor ini menyiratkan bahwa interval stabilitas...
Biarkan x, ymenjadi dua angka floating-point. Apa cara yang benar untuk menghitung artinya? Cara naif (x+y)/2dapat menghasilkan luapan saat xdan yterlalu besar. Saya pikir 0.5 * x + 0.5 * ymungkin lebih baik, tetapi melibatkan dua perkalian (yang mungkin tidak efisien), dan saya tidak yakin apakah...
Saya telah menggunakan HDF5 selama bertahun-tahun, tetapi seiring dengan bertambahnya ukuran dataset, saya mulai mengalami masalah yang sama seperti yang tercantum di sini http://cyrille.rossant.net/moving-away-hdf5/ Bisakah Anda mengarahkan saya ke format seperti HDF5 dengan - Dukungan yang baik...
Maaf untuk posting lama tapi saya ingin memasukkan semua yang saya pikir relevan pada langkah pertama. Apa yang saya inginkan Saya menerapkan versi paralel dari Metode Subruang Krylov untuk Matriks Padat.Terutama GMRES, QMR dan CG. Saya menyadari (setelah membuat profil) bahwa rutinitas DGEMV...
Saya mencari beberapa implementasi open source (salah satu dari Python, C, C ++, Fortran baik-baik saja) dari pendekatan rasional ke suatu fungsi. Sesuatu di sepanjang artikel [1]. Saya memberinya fungsi dan mengembalikan dua polinomial, yang rasionya merupakan perkiraan pada interval yang...
Saya secara teratur bersaing dalam apa yang disebut "Kontes Pemrograman", di mana Anda memecahkan masalah algoritmik yang sulit dengan kode Anda sendiri dan keterampilan pemecahan masalah selama jangka waktu terbatas. Untuk contoh referensial seperti apa bentuknya, cari kompetisi seperti misalnya...
Grup penelitian saya berfokus pada dinamika molekuler, yang jelas dapat menghasilkan gigabytes data sebagai bagian dari lintasan tunggal yang kemudian harus dianalisis. Beberapa masalah yang kami khawatirkan melibatkan korelasi dalam set data, yang berarti bahwa kita perlu melacak sejumlah besar...
Terkadang saat mengoptimalkan kode diperlukan untuk menentukan waktu bagian tertentu dari kode, saya telah menggunakan yang berikut selama bertahun-tahun tetapi bertanya-tanya apakah ada cara yang lebih sederhana / lebih baik untuk melakukannya? call system_clock(count_rate=clock_rate) !Find the...
Saya mengajar kelas survei analisis numerik dan mencari motivasi untuk metode BFGS untuk siswa dengan latar belakang / intuisi terbatas dalam optimasi! Meskipun saya tidak punya waktu untuk membuktikan dengan ketat bahwa semuanya menyatu, saya mencari untuk memberikan motivasi yang masuk akal...
Saya sedang mengembangkan beberapa kode yang lebih besar untuk melakukan perhitungan nilai eigen dari matriks jarang besar, dalam konteks fisika komputasi. Saya menguji rutinitas saya terhadap osilator harmonik sederhana dalam satu dimensi, karena nilai eigen dikenal secara analitis. Melakukannya...
Meta itu sepertinya menyarankan bahwa nasihat karier tidak masalah. . . jadi begini. Saya memiliki beberapa teman dekat di bidang ML dan pemodelan matematika hanya menyelesaikan PhD dan mulai mencari pekerjaan. Meskipun keduanya cukup berkualitas dan berbakat, tidak ada yang tertarik untuk tetap...
Saya telah melihat sekilas tentang Analisis Numerik (terutama, Metode Numerik seperti pencarian akar, persamaan kuadrat, dan hal-hal pendahuluan lainnya) di kelas Kalkulus saya, tetapi sekarang, saya mendapati diri saya menginginkan lebih banyak kecanggihan dalam pekerjaan saya. Apakah ada buku...
Masalah umum dalam statistik adalah menghitung kebalikan akar kuadrat dari matriks pasti positif simetris. Apa cara komputasi yang paling efisien ini? Saya menemukan beberapa literatur (yang belum saya baca), dan beberapa kode R insidental di sini , yang saya akan mereproduksi di sini untuk...
Saya membuat simulator astronomi sederhana yang harus menggunakan fisika Newton untuk mensimulasikan pergerakan planet dalam suatu sistem (atau benda apa pun, dalam hal ini). Semua benda adalah lingkaran dalam bidang Euclidean, yang memiliki sifat seperti posisi, kecepatan, massa, jari-jari dan...
Tampaknya ada dua jenis fungsi pengujian utama untuk pengoptimal tanpa-derivatif: satu garis seperti fungsi Rosenbrock , dengan titik awal set poin data nyata, dengan interpolator Apakah mungkin untuk membandingkan katakanlah 10d Rosenbrock dengan masalah 10d nyata? Orang dapat membandingkan...
Ada banyak skema FD untuk persamaan advection diskusikan di web. Misalnya di sini: http://farside.ph.utexas.edu/teaching/329/lectures/node89.html∂T∂t+u∂T∂x=0∂T∂t+u∂T∂x=0\frac{\partial T}{\partial t}+u\frac{\partial T}{\partial x}=0 Tapi saya belum melihat ada yang mengusulkan skema angin...