Pertanyaan tentang kecepatan eksekusi dan penggunaan memori dari algoritma, struktur data, bahasa dan perpustakaan.
Saya bekerja dalam ilmu komputasi, dan sebagai hasilnya, saya menghabiskan banyak waktu untuk mencoba meningkatkan throughput ilmiah banyak kode, serta memahami efisiensi kode-kode ini. Mari kita asumsikan saya telah mengevaluasi kinerja vs keterbacaan / penggunaan kembali / pemeliharaan tradeoff...
Dalam kursus analisis numerik saya, saya belajar untuk menganalisis efisiensi algoritma dengan menghitung jumlah operasi floating-point (jepit) yang mereka butuhkan, relatif terhadap ukuran masalah. Misalnya, dalam teks Trefethen & Bau pada Numerical Linear Algebra, bahkan ada gambar 3D yang...
Fortran memiliki tempat khusus dalam pemrograman numerik. Anda tentu dapat membuat perangkat lunak yang baik dan cepat dalam bahasa lain, tetapi Fortran tetap berkinerja sangat baik meskipun usianya sudah lanjut. Selain itu, lebih mudah membuat program cepat di Fortran. Saya telah membuat program...
Saya membandingkan beberapa kode saya dengan "stok" kode MATLAB. Saya terkejut dengan hasilnya. Saya menjalankan kode sampel (Matriks Jarang) n = 5000; a = diag(rand(n,1)); b = rand(n,1); disp('For a\b'); tic;a\b;toc; disp('For LU'); tic;LULU;toc; disp('For Conj
ATLAS adalah pengganti BLAS / LAPACK gratis yang menyesuaikan dirinya dengan mesin saat dikompilasi. MKL adalah perpustakaan komersial yang dikirim oleh Intel. Apakah kedua pustaka ini sebanding dalam hal kinerja, atau apakah MKL lebih unggul untuk beberapa tugas? Jika ya, yang
Latar Belakang: Saya pikir saya mungkin ingin mem-porting beberapa kode yang menghitung produk matriks eksponensial-vektor menggunakan metode subruang Krylov dari MATLAB ke Python. (Secara khusus, fungsi expmvp Jitse Niesen , yang menggunakan algoritma yang dijelaskan dalam makalah ini .) Namun,...
Misalkan saya sedang mengerjakan kode ilmiah dalam C ++. Dalam diskusi baru-baru ini dengan seorang kolega, dikemukakan bahwa templat ekspresi bisa menjadi hal yang sangat buruk, berpotensi membuat perangkat lunak hanya dapat dikompilasi pada versi gcc tertentu. Seharusnya, masalah ini telah...
Apa pendekatan yang disukai dan efisien untuk menginterpolasi data multidimensi? Hal yang saya khawatirkan: kinerja dan memori untuk konstruksi, evaluasi tunggal / batch menangani dimensi dari 1 hingga 6 linier atau tingkat tinggi kemampuan untuk mendapatkan gradien (jika tidak linier) grid...
Apakah ada metode untuk menyelesaikan sistem linear dari bentuk mana adalah matriks SPD tetap dan adalah matriks diagonal positif?O(n3+n2k)O(n3+n2k)O(n^3+n^2 k)kkk(Di+A)xi=bi(Di+A)xi=bi(D_i + A) x_i = b_iAAADiDiD_i Misalnya, jika setiap adalah skalar, itu sudah cukup untuk menghitung SVD dari ....
Bagaimana skala array Python / Numpy dengan dimensi array yang meningkat? Ini didasarkan pada beberapa perilaku yang saya perhatikan ketika membandingkan kode Python untuk pertanyaan ini: Cara mengekspresikan ekspresi rumit ini menggunakan irisan numpy Masalahnya sebagian besar melibatkan...
Saya akan mulai dengan pengalaman pribadi saya di lab kami. Kembali ke ifort 9 dan 10 hari, kami dulu cukup agresif dengan optimasi, mengkompilasi dengan -O3 dan flag spesifik prosesor (-xW -xSSE4.2 misalnya). Tetapi mulai dengan ifort 11, kami mulai memperhatikan: 1. beberapa inkonsistensi dalam...
Bahasa C ++ menyediakan pemrograman generik dan metaprogramming melalui template. Teknik-teknik ini telah menemukan jalan mereka ke banyak paket komputasi ilmiah skala besar (misalnya, MPQC , LAMMPS , CGAL , Trilinos ). Tetapi apa yang sebenarnya mereka sumbangkan dalam komputasi ilmiah dalam nilai...
Ketika perhitungan terbatas bandwidth memori dilakukan dalam lingkungan memori bersama (mis. Berulir melalui OpenMP, Pthreads, atau TBB), ada dilema tentang bagaimana memastikan bahwa memori didistribusikan dengan benar di seluruh memori fisik , sehingga masing-masing thread kebanyakan mengakses...
Saya mencari beberapa implementasi open source (salah satu dari Python, C, C ++, Fortran baik-baik saja) dari pendekatan rasional ke suatu fungsi. Sesuatu di sepanjang artikel [1]. Saya memberinya fungsi dan mengembalikan dua polinomial, yang rasionya merupakan perkiraan pada interval yang...
Simulasi dinamika plasma kami sering menghasilkan terlalu banyak informasi. Selama simulasi, kami merekam berbagai properti fisik pada kisi (x, y, z, t) yang sebesar (8192x1024x1024x1500), untuk setidaknya 10 properti. Informasi ini diproses setelah simulasi selesai. Dengan itu kita membuat film...
Saya membandingkan dua metode berulang untuk membalikkan matriks kuadrat acak. Karena matriksnya acak, setiap test case mengambil jumlah iterasi dan waktu yang berbeda yang berbeda. Pertanyaan saya adalah, di atas rata-rata waktu CPU, adalah nilai rata-rata dari iterasi yang diambil oleh kedua...
Ketika mengevaluasi jumlah FLOPs dalam fungsi yang sederhana, kita seringkali hanya bisa menurunkan ekspresi penghitungan operator aritmatika dasar. Namun, dalam kasus pernyataan matematis yang melibatkan pembagian yang merata, seseorang tidak dapat melakukan ini dan berharap dapat membandingkan...
Saya tahu bahwa ATLAS dapat mengoptimalkan dirinya untuk mesin yang dikompilasi dan dengan demikian manfaat maksimum dapat ditemukan dengan mengkompilasi dari sumber. Apakah ada manfaat untuk menyusun LAPACK dari sumber? Akan jauh lebih mudah untuk menginstal paket
Pertanyaan: Metode apa yang tersedia untuk secara akurat dan efisien menghitung struktur sparsity dari matriks elemen hingga? Info: Saya sedang mengerjakan pemecah Persamaan Tekanan Poisson, menggunakan metode Galerkin dengan basis Lagrange kuadratik, ditulis dalam C, dan menggunakan PETSc untuk...
Dalam program sampel ini saya melakukan hal yang sama (setidaknya saya pikir begitu) dengan dua cara berbeda. Saya menjalankan ini pada pc Linux saya dan memantau penggunaan memori dengan top. Menggunakan gfortran, saya menemukan bahwa dengan cara pertama (antara "1" dan "2") memori yang digunakan...