Saya telah menjalankan GROMACS kode dinamika molekul (MD) pada cluster Linux Ubuntu yang terdiri dari node yang berisi 24 CPU Intel Xeon. Titik perhatian saya ternyata agak sensitif terhadap presisi aritmatika floating point, jadi saya harus menjalankan GROMACS dalam presisi ganda daripada presisi...
Saya ingin tahu apakah ada cara cepat untuk menghitung jarak Euclidean dari dua vektor dalam Oktaf. Sepertinya tidak ada fungsi khusus untuk itu, jadi haruskah saya menggunakan rumus saja
Saya menjalankan simulasi dinamika molekul (MD) menggunakan beberapa paket perangkat lunak, seperti Gromacs dan DL_POLY. Gromacs sekarang mendukung algoritma dekomposisi partikel dan domain dekomposisi. Secara default, simulasi Gromacs menggunakan dekomposisi domain, meskipun selama...
Saya baru dalam simulasi dinamika molekul (MD). Apa kompleksitas simulasi dinamika molekul dalam hal waktu simulasi? Dengan kata lain, jika saya ingin meningkatkan waktu simulasi dari 10 nanodetik ke 20 nanodetik, apa yang bisa saya harapkan dalam hal peningkatan
Dalam suatu sistem di mana energi secara teoritis harus dilestarikan, simulasi yang paling akurat akan menghemat energi (serta memberikan posisi, kecepatan, dan lain-lain yang akurat). RK4 lebih akurat daripada leapfrog, namun leapfrog menghemat energi dan RK4 tidak. Kenapa
Saya menjalankan simulasi dinamika molekul air untuk tujuan pengujian. Kotaknya cukup kecil, jika Anda bertanya kepada seorang pria yang menjalankan MD klasik, dan relatif besar, jika Anda bertanya kepada seorang pria DFT: Saya memiliki 58 molekul air dalam kondisi batas periodik. Untuk menghemat...