Kembali ke awal OS X, tampaknya ada banyak keriuhan, setidaknya di dunia Mac (saya tidak berada di dekat komputasi ilmiah pada saat itu) tentang Mac OS sebagai platform untuk komputasi ilmiah dan aplikasi HPC. XGrid keluar dari kotak, Virginia Tech memiliki cluster komputasi berbasis Mac yang...
Saya berencana menggunakan multigrid untuk menghitung beberapa nilai eigen dan vektor, dan saya perhatikan PETSc memiliki dukungan tingkat tinggi untuk multigrid. Dokumentasi PETSc mengatakan bahwa bagian PETSc ini tidak boleh digunakan, karena akan segera diganti. Perpustakaan lain mana yang...
Saya di bidang yang tidak selalu melakukan banyak pekerjaan HPC, dan ketika itu benar-benar terjadi, sering kali ini merupakan hasil dari peneliti dari bidang lain yang mengeksplorasi aplikasi baru dengan metode dan sejenisnya. Terutama apa artinya ini adalah bahwa hal itu tidak pernah benar-benar...
Hal yang saya paling tidak suka tentang MPI adalah berurusan dengan tipe data (yaitu peta data / topeng) karena mereka tidak cocok dengan C + berorientasi objek. boost::mpiNamun, hanya mendukung MPI 1.1 dari situs web mereka: boost :: mpi adalah antarmuka ramah C ++ ke Antarmuka Lulus Pesan...
Saya ingin tahu apakah ada cara cepat untuk menghitung jarak Euclidean dari dua vektor dalam Oktaf. Sepertinya tidak ada fungsi khusus untuk itu, jadi haruskah saya menggunakan rumus saja
Karena pertanyaan ini terkait dengan perhitungan, saya memutuskan untuk memposting di sini. Semoga itu akan dipandang tepat. Saya baru saja mulai menjalankan model atmosfer dan samudera, dan saya menyadari bahwa saya membutuhkan lebih banyak inti, memori, dan ruang disk daripada yang dimiliki...
Saya menggunakan Valgrind + Callgrind ke profil pemecah yang saya tulis. Seperti yang dinyatakan oleh manual pengguna Valgrind, saya telah mengkompilasi kode saya dengan opsi debugging untuk kompiler: "Tanpa info debug, alat Valgrind terbaik yang dapat Anda lakukan adalah menebak fungsi kode...
Grup penelitian saya berfokus pada dinamika molekuler, yang jelas dapat menghasilkan gigabytes data sebagai bagian dari lintasan tunggal yang kemudian harus dianalisis. Beberapa masalah yang kami khawatirkan melibatkan korelasi dalam set data, yang berarti bahwa kita perlu melacak sejumlah besar...
Saya memiliki PETSc Matdan ingin memperkirakan jumlah
Saya bermain-main dengan PETSc dan memperhatikan bahwa ketika saya menjalankan program saya dengan lebih dari satu proses melalui MPI tampaknya berjalan lebih lambat ! Bagaimana saya dapat memeriksa untuk melihat apa yang sedang
Di mana pun saya melihat, tutorial / dokumen dll PETSc mengatakan bahwa itu berguna untuk aljabar linier dan biasanya menentukan bahwa sistem jarang akan mendapat manfaat. Bagaimana dengan matriks padat? Saya khawatir tentang menyelesaikan untuk padat .A x = bAx=bAx=bSEBUAHAA Saya telah menulis...
Studi kasus dalam tesis PhD saya mengharuskan saya memiliki ekstensi interval subrutin Fortran di CHEMKIN-II (permintaan maaf untuk tautan tersebut; ini adalah yang terbaik yang bisa saya temukan untuk paket yang tidak lagi didistribusikan oleh Sandia National Laboratory). CHEMKIN-II adalah paket...
Fungsi memiliki singularitas dekat . Singularitas itu dapat diangkat, meskipun: untuk , seseorang harus memiliki , karena Dan dengan demikian Namun, bentuk tidak hanya tidak didefinisikan pada , secara numerik juga tidak stabil di sekitar titik itu; dalam rangka untuk mengevaluasi untuk sangat...
Kesimpulannya di sini: Seberapa jauh sebenarnya penyusun Fortran? adalah gfortran dan gcc yang cepat untuk kode sederhana. Jadi saya ingin mencoba sesuatu yang lebih rumit. Saya mengambil contoh baku tembak norma spektral. Saya pertama-tama menghitung ulang matriks 2D A (:, :), dan kemudian...
Pertanyaan: Metode apa yang tersedia untuk secara akurat dan efisien menghitung struktur sparsity dari matriks elemen hingga? Info: Saya sedang mengerjakan pemecah Persamaan Tekanan Poisson, menggunakan metode Galerkin dengan basis Lagrange kuadratik, ditulis dalam C, dan menggunakan PETSc untuk...
Untuk aplikasi yang membutuhkan sumber daya komputasi yang signifikan, kinerja tinggi dapat menjadi faktor penting ketika datang untuk memberikan hasil ilmiah atau mencapai "terobosan" dalam waktu yang wajar. Berapa banyak waktu dan upaya yang harus diinvestasikan pengembang perangkat lunak dalam...
Saya telah membaca buku Computer Simulation of Liquids oleh Allen dan Tildesley. Mulai dari halaman 71, penulis membahas berbagai algoritma yang digunakan untuk mengintegrasikan persamaan gerak Newton dalam simulasi dinamika molekul (MD). Mulai dari halaman 78, penulis membahas algoritma Verlet,...
Biasanya, saya menulis kode seri, dan ketika saya melakukannya, saya menulis unit test dengan beberapa kerangka pengujian gaya xUnit (MATLAB xUnit, PyUnit / nose, atau kerangka pengujian C ++ Google). Berdasarkan pencarian Google sepintas, saya belum melihat banyak tentang bagaimana praktisi...
Saya perlu memecahkan sistem linear yang jarang sama (300x300 hingga 1000x1000) dengan banyak sisi kanan (300 hingga 1000). Selain masalah pertama ini, saya juga ingin menyelesaikan sistem yang berbeda, tetapi dengan elemen bukan nol yang sama (hanya nilai yang berbeda), yaitu banyak sistem jarang...
Saya telah menggunakan GSL sebagai dasar dari banyak simulasi saya, tetapi itu sedikit berlebihan untuk tujuan saya dan mendefinisikan tipe kompleksnya sendiri untuk alasan warisan. Daripada mengkode pemecah ODE Runge-Kutta saya sendiri, yang mungkin tidak akan sangat efisien, apakah ada pemecah...