Tes statistik mana yang harus digunakan untuk menguji pengayaan daftar gen?

Saya telah melakukan percobaan untuk menguji sensitivitas sel terhadap agen kerusakan DNA tertentu. Kami telah menemukan 270 gen yang secara khusus sensitif terhadap obat dan jumlah total gen yang dianalisis adalah 3668. 38 dari 270 gen sensitif diklasifikasikan sebagai "gen perbaikan DNA". Jika jumlah "gen perbaikan DNA" yang terkandung dalam genom adalah 112 dan jumlah total gen dalam gen adalah 3668, apakah pengayaan gen sensitif dalam gen perbaikan DNA? Tes statistik mana yang harus digunakan? Saya akan sangat menghargai jika Anda juga bisa memberi tahu saya beberapa alat untuk menghitung nilai-p secara online.

Praktik standar untuk menguji pengayaan daftar gen adalah dengan melakukan tes hipergeometrik atau, ekuivalen, tes eksak satu sisi . Anda memiliki tabel kontingensi 2 × berikut :$2\times2$

Anda dapat melakukan tes Rsebagai berikut:

fisher.test(matrix(c(38,74,232,3324),nrow=2,ncol=2),alternative="greater")

Yang memberikan hasil yang sangat signifikan:

Fisher's Exact Test for Count Data

data:  matrix(c(38, 74, 232, 3324), nrow = 2, ncol = 2) 
p-value < 2.2e-16
alternative hypothesis: true odds ratio is greater than 1 
95 percent confidence interval:
5.062107      Inf 
sample estimates:
odds ratio 
7.34918

Perhatikan bahwa saat kami menguji untuk representasi berlebihan (bukan keterwakilan) alternativeparameter ditetapkan ke "greater".