Mengapa pengenalan efek lereng acak memperbesar SE lereng?

Saya mencoba untuk menganalisis efek Tahun pada variabel logInd untuk kelompok individu tertentu (saya punya 3 kelompok). Model paling sederhana:

> fix1 = lm(logInd ~ 0 + Group + Year:Group, data = mydata)
> summary(fix1)

Call:
lm(formula = logInd ~ 0 + Group + Year:Group, data = mydata)

Residuals:
    Min      1Q  Median      3Q     Max 
-5.5835 -0.3543 -0.0024  0.3944  4.7294 

Coefficients:
              Estimate Std. Error t value Pr(>|t|)    
Group1       4.6395740  0.0466217  99.515  < 2e-16 ***
Group2       4.8094268  0.0534118  90.044  < 2e-16 ***
Group3       4.5607287  0.0561066  81.287  < 2e-16 ***
Group1:Year -0.0084165  0.0027144  -3.101  0.00195 ** 
Group2:Year  0.0032369  0.0031098   1.041  0.29802    
Group3:Year  0.0006081  0.0032666   0.186  0.85235    
---
Signif. codes:  0 ‘***’ 0.001 ‘**’ 0.01 ‘*’ 0.05 ‘.’ 0.1 ‘ ’ 1 

Residual standard error: 0.7926 on 2981 degrees of freedom
Multiple R-squared: 0.9717,     Adjusted R-squared: 0.9716 
F-statistic: 1.705e+04 on 6 and 2981 DF,  p-value: < 2.2e-16

Kita dapat melihat bahwa Group1 menurun secara signifikan, Groups2 dan 3 meningkat tetapi tidak begitu signifikan.

Jelas individu harus efek acak, jadi saya memperkenalkan efek intersepsi acak untuk setiap individu:

> mix1a = lmer(logInd ~ 0 + Group + Year:Group + (1|Individual), data = mydata)
> summary(mix1a)
Linear mixed model fit by REML 
Formula: logInd ~ 0 + Group + Year:Group + (1 | Individual) 
   Data: mydata 
  AIC  BIC logLik deviance REMLdev
 4727 4775  -2356     4671    4711
Random effects:
 Groups     Name        Variance Std.Dev.
 Individual (Intercept) 0.39357  0.62735 
 Residual               0.24532  0.49530 
Number of obs: 2987, groups: Individual, 103

Fixed effects:
              Estimate Std. Error t value
Group1       4.6395740  0.1010868   45.90
Group2       4.8094268  0.1158095   41.53
Group3       4.5607287  0.1216522   37.49
Group1:Year -0.0084165  0.0016963   -4.96
Group2:Year  0.0032369  0.0019433    1.67
Group3:Year  0.0006081  0.0020414    0.30

Correlation of Fixed Effects:
            Group1 Group2 Group3 Grp1:Y Grp2:Y
Group2       0.000                            
Group3       0.000  0.000                     
Group1:Year -0.252  0.000  0.000              
Group2:Year  0.000 -0.252  0.000  0.000       
Group3:Year  0.000  0.000 -0.252  0.000  0.000

Ini memiliki efek yang diharapkan - SE lereng (koefisien Group1-3: Tahun) sekarang lebih rendah dan residu SE juga lebih rendah.

Individu juga berbeda dalam kemiringan jadi saya juga memperkenalkan efek kemiringan acak:

> mix1c = lmer(logInd ~ 0 + Group + Year:Group + (1 + Year|Individual), data = mydata)
> summary(mix1c)
Linear mixed model fit by REML 
Formula: logInd ~ 0 + Group + Year:Group + (1 + Year | Individual) 
   Data: mydata 
  AIC  BIC logLik deviance REMLdev
 2941 3001  -1461     2885    2921
Random effects:
 Groups     Name        Variance  Std.Dev. Corr   
 Individual (Intercept) 0.1054790 0.324775        
            Year        0.0017447 0.041769 -0.246 
 Residual               0.1223920 0.349846        
Number of obs: 2987, groups: Individual, 103

Fixed effects:
              Estimate Std. Error t value
Group1       4.6395740  0.0541746   85.64
Group2       4.8094268  0.0620648   77.49
Group3       4.5607287  0.0651960   69.95
Group1:Year -0.0084165  0.0065557   -1.28
Group2:Year  0.0032369  0.0075105    0.43
Group3:Year  0.0006081  0.0078894    0.08

Correlation of Fixed Effects:
            Group1 Group2 Group3 Grp1:Y Grp2:Y
Group2       0.000                            
Group3       0.000  0.000                     
Group1:Year -0.285  0.000  0.000              
Group2:Year  0.000 -0.285  0.000  0.000       
Group3:Year  0.000  0.000 -0.285  0.000  0.000

Tapi sekarang, bertentangan dengan harapan, SE lereng (koefisien Group1-3: Tahun) sekarang jauh lebih tinggi, bahkan lebih tinggi daripada tanpa efek acak sama sekali!

Bagaimana ini mungkin? Saya akan berharap bahwa efek acak akan "memakan" variabilitas yang tidak dapat dijelaskan dan meningkatkan "kepastian" dari perkiraan!

Namun, sisa SE berperilaku seperti yang diharapkan - ini lebih rendah dari pada model intersep acak.

Ini data jika diperlukan.

Edit

Sekarang saya menyadari fakta yang mencengangkan. Jika saya melakukan regresi linier untuk setiap individu secara terpisah dan kemudian menjalankan ANOVA pada lereng yang dihasilkan, saya mendapatkan hasil yang persis sama dengan model lereng acak! Apakah kamu tahu mengapa?

indivSlope = c()
for (indiv in 1:103) {
    mod1 = lm(logInd ~ Year, data = mydata[mydata$Individual == indiv,])
    indivSlope[indiv] = coef(mod1)['Year']
}

indivGroup = unique(mydata[,c("Individual", "Group")])[,"Group"]


anova1 = lm(indivSlope ~ 0 + indivGroup)
summary(anova1)

Call:
lm(formula = indivSlope ~ 0 + indivGroup)

Residuals:
      Min        1Q    Median        3Q       Max 
-0.176288 -0.016502  0.004692  0.020316  0.153086 

Coefficients:
              Estimate Std. Error t value Pr(>|t|)
indivGroup1 -0.0084165  0.0065555  -1.284    0.202
indivGroup2  0.0032369  0.0075103   0.431    0.667
indivGroup3  0.0006081  0.0078892   0.077    0.939

Residual standard error: 0.04248 on 100 degrees of freedom
Multiple R-squared: 0.01807,    Adjusted R-squared: -0.01139 
F-statistic: 0.6133 on 3 and 100 DF,  p-value: 0.6079

Ini data jika diperlukan.

r mixed-model lme4-nlme random-effects-model Ingin tahu
sumber

Anda memerlukan satu tahun efek tetap jika Anda akan memiliki satu tahun: efek grup tetap interaksi. Secara umum, Anda tidak dapat memasukkan istilah interaksi tanpa juga menyertakan efek utama. Apakah Anda benar-benar berpikir tidak ada komponen tetap pada efek tahun? Dan, jika demikian, bagaimana mungkin ada tahun yang pasti: interaksi kelompok?

John

Dan, mengapa tidak ada intersep tetap? Anda dapat memiliki keduanya, diperbaiki dan acak.

John

@ John, model ini benar-benar valid. Ini hanya masalah pengkodean yang diinginkan dari variabel kategori. Cara iniGroup

i

$i$ adalah intersep dari Grup

i

$i$ , dan Group

i

$i$ :Year adalah kemiringan dalam Grup

i

$i$ . Jika efek utama Tahun dan intersepsi dimasukkan, maka estimasi akan menjadi perbedaan dari intersep Grup

i

$i$ dan Kelompok 1, dan demikian pula dengan lereng.

Aniko

@ John, ini di luar topik untuk pertanyaan saya, namun: percayalah, ini OK, saya melakukan banyak percobaan dengan itu. Model lm pertama saya sepenuhnya sama dengan logInd ~ Year*Group, hanya koefisien-koefisien yang ada dalam bentuk yang berbeda, tidak lebih. Tergantung selera Anda dan bentuk koefisien apa yang Anda sukai, tidak lebih. Tidak ada pengecualian "Efek utama tahun" pada model pertama saya saat Anda menulis ... logInd ~ Year*Groupmelakukan hal yang persis sama, Yearkoefisiennya bukan efek utama, tetapi Group1: Tahun.

Penasaran

OK, rapi, tidak menganggap 0 intersep dan Grup sebagai kategori.

John

Saya pikir masalahnya adalah dengan harapan Anda :) Perhatikan bahwa ketika Anda menambahkan intersep acak untuk setiap individu, kesalahan standar intersep meningkat. Karena setiap individu dapat memiliki intersepnya sendiri, rata-rata grup kurang pasti. Hal yang sama terjadi dengan kemiringan acak: Anda tidak lagi memperkirakan satu kemiringan (dalam-kelompok) yang umum, tetapi rata-rata kemiringan yang bervariasi.

EDIT: Mengapa model yang lebih baik tidak memberikan perkiraan yang lebih tepat?

Mari kita pikirkan sebaliknya: mengapa model awal meremehkan kesalahan standar? Ini mengasumsikan independensi pengamatan yang tidak independen. Model kedua melonggarkan asumsi itu (dengan cara yang memengaruhi penyadapan), dan yang ketiga melemaskannya lebih jauh.

EDIT 2: hubungan dengan banyak model khusus pasien

Pengamatan Anda adalah properti yang dikenal (dan jika Anda hanya memiliki dua tahun, maka model efek acak akan setara dengan uji-t berpasangan). Saya tidak berpikir saya bisa mengelola bukti nyata, tetapi mungkin menulis dua model akan membuat hubungan lebih jelas. Mari kita abaikan variabel pengelompokan, karena hanya akan memperumit notasi. Saya akan menggunakan huruf Yunani untuk efek acak, dan huruf latin untuk efek tetap.

Model efek acak adalah ( $i$ - subjek, $j$ - mereplikasi dalam subjek):

Y_{i j} = a + α_{i} + (b + β_{i}) x_{i j} + ϵ_{i j},

$Y_{ij} = a + \alpha_i + (b+\beta_i)x_{ij} + \epsilon_{ij},$ dimana

(α_{i}, β_{i})^{'} \sim N (0, Σ)

$(\alpha_i,\beta_i)'\sim N(0,\Sigma)$ dan

ϵ_{i j} \sim N (0, σ^{2})

$\epsilon_{ij}\sim N(0,\sigma^2)$ .

Bila Anda cocok dengan model terpisah untuk setiap subjek, maka

Y_{i j} = a_{i} + b_{i} x_{i j} + ϵ_{i j},

$Y_{ij} = a_i + b_i x_{ij}+ \epsilon_{ij},$ dimana

ϵ_{i j} \sim N (0, σ_{i}^{2})

$\epsilon_{ij}\sim N(0,\sigma_i^2)$ .

[Catatan: yang berikut ini hanya sekedar handwaving:]

Anda dapat melihat banyak kesamaan antara kedua model ini dengan $a_i$ sesuai dengan $a+\alpha_i$ dan $b_i$ untuk $b+\beta_i$ . Rata-rata $b_i$ berkorespondensi dengan $b$ , karena efek acak rata-rata menjadi 0. Korelasi tidak menentu dari intersep dan kemiringan acak mengarah pada fakta bahwa model hanya dapat dipasang secara terpisah. Saya tidak yakin bagaimana single $\sigma$ asumsi jala dengan subjek-spesifik $\sigma_i$ , tapi saya akan menganggap itu $\alpha_i$ mengambil perbedaannya.

Aniko
sumber

Terima kasih Aniko. Anda benar, perhitungan saya mengonfirmasi hal itu, tetapi saya ingin tahu mengapa ... Tampaknya kontra-intuitif. Saya meningkatkan model - dengan memperkenalkan efek acak saya menggambarkan struktur kesalahan lebih baik. Kesalahan residual mengonfirmasi itu - lebih rendah dan lebih rendah. Jadi dengan model yang lebih baik dan lebih presisi ini saya harapkan kemiringan yang lebih tepat ... Saya tahu saya salah di suatu tempat, tolong bantu saya melihatnya.

Penasaran

Terima kasih Aniko, itu sudut pandang yang menarik! Saya hanya tertarik pada lereng (Grup *: Tahun), tidak mencegat di sini .. jadi langkah pertama saya memperkenalkan efek itcept acak mengendurkan asumsi kemandirian dan mengarah ke SE yang lebih rendah .. (dari lereng ..) dan kemudian langkah selanjutnya mungkin terlalu banyak (??) dan melakukan yang sebaliknya (bahkan lebih buruk SE ..) .. mungkin saya perlu memikirkannya, terima kasih.

Penasaran

Sekarang saya juga heran dengan fakta yang sangat menarik - silakan lihat hasil edit saya. Apakah Anda tahu mengapa demikian?

Penasaran

Saya tidak berpikir asumsi kemerdekaan terlalu santai! Itu salah untuk memulai.

Aniko

Tomas, model "tepat" tidak berarti perkiraannya akan lebih tepat. Sebagai contoh ekstrem, ambil model bebas data apa pun yang Anda suka, seperti yang memprediksi semua respons adalah nol. Model ini benar-benar pasti dalam estimasi nol. Karena itu setepat yang mungkin bisa didapat - tetapi mungkin juga sesat mungkin. Memberikan model cakupan yang lebih besar agar sesuai dengan parameter karena itu biasanya berarti parameter tersebut sesuai dengan kurang presisi, tidak lebih. Model yang lebih baik, karena dapat mengukur ketidakpastian yang tidak ditangkap oleh model yang lebih buruk, seringkali memiliki kesalahan standar yang lebih besar.

whuber

Mengapa pengenalan efek lereng acak memperbesar SE lereng?

Tapi sekarang, bertentangan dengan harapan, SE lereng (koefisien Group1-3: Tahun) sekarang jauh lebih tinggi, bahkan lebih tinggi daripada tanpa efek acak sama sekali!

Edit

Jawaban: