Saya memiliki tabel kontingensi tiga tingkat, dengan data penghitungan untuk beberapa spesies, tanaman inang dari mana mereka dikumpulkan dan apakah pengumpulan itu terjadi pada hari hujan (ini sebenarnya penting!). Menggunakan R, data palsu mungkin seperti ini:
count <- rpois(8, 10)
species <- rep(c("a", "b"), 4)
host <- rep(c("c","c", "d", "d"), 2)
rain <- c(rep(0,4), rep(1,4))
my.table <- xtabs(count ~ host + species + rain)
, , rain = 0
species
host a b
c 12 15
d 10 13
, , rain = 1
species
host a b
c 11 12
d 12 7
Sekarang, saya ingin tahu dua hal: Apakah spesies terkait dengan tanaman inang? Apakah "hujan atau tidak" mempengaruhi hubungan ini? Saya menggunakan loglm()
dari MASS
untuk ini:
# Are species independent to host plants, given the effect of rain?
loglm(~species + host + rain + species*rain + host*rain, data=my.table)
# Given any relationship between host plants and species, does rain change it?
loglm(~species + host + rain + species*host)
Ini sedikit di luar tingkat kenyamanan saya, dan saya ingin memastikan bahwa saya telah mengatur model dengan benar dan ini adalah cara terbaik untuk mendekati pertanyaan-pertanyaan ini.
sumber
Perintah R adalah:
sumber
Awalnya saya menyarankan untuk mencoba salah satu teknik penahbisan terbatas dari
vegan
paket, tetapi pada pemikiran kedua saya ragu bahwa ini akan berguna, karena Anda benar-benar memiliki 2 tabel kontingensi. Saya berharap bahwa bagian kedua dari contoh ini [PDF: R Demonstrasi - Analisis Kategorikal] akan membantu.sumber