Sumber daya untuk mempelajari rantai Markov dan model Markov tersembunyi

57

Saya mencari sumber daya (tutorial, buku teks, webcast, dll) untuk belajar tentang Markov Chain dan HMMs. Latar belakang saya adalah sebagai ahli biologi, dan saya saat ini terlibat dalam proyek yang berhubungan dengan bioinformatika.

Juga, apa latar belakang matematika yang perlu saya perlu memiliki pemahaman yang memadai tentang model Markov & HMM?

Saya sudah mencari-cari menggunakan Google tetapi, sejauh ini saya belum menemukan tutorial pengantar yang bagus. Saya yakin seseorang di sini lebih tahu.

references markov-process hidden-markov-model bioinformatics membungkuk
sumber
2
Anda mungkin harus membuat posting Anda sebagai wiki komunitas karena tidak ada jawaban yang benar.
csgillespie
1
Saya baru saja mengubahnya.

Jawaban:

19

Berikut beberapa tutorial (tersedia dalam bentuk PDF):

  1. Dugad dan Desai, Tutorial tentang model markov tersembunyi
  2. Valeria De Fonzo1, Filippo Aluffi-Pentini2 dan Valerio Parisi (2007). Model Markov Tersembunyi dalam Bioinformatika . Bioinformatika Saat Ini , 2 , 49-61.
  3. Smith, K. Model Markov Tersembunyi dalam Bioinformatika dengan Aplikasi untuk Temuan Gen dalam DNA Manusia

Lihat juga tutorial Bioconductor .

Saya berasumsi Anda menginginkan sumber daya gratis; jika tidak, Bioinformatika dari Polanski dan Kimmel (Springer, 2007) memberikan gambaran yang bagus (§2.8-2.9) dan aplikasi (Bagian II).

chl
sumber
12

Ada juga buku yang sangat bagus oleh Oliver Cappe et. al: Inferensi dalam Model Markov Tersembunyi . Namun, ini cukup teoretis dan sangat ringan pada aplikasi.

Ada buku lain dengan contoh dalam R, tapi saya tidak tahan - Hidden Markov Models for Time Series .

Ps Komunitas pengenalan ucapan juga memiliki banyak literatur tentang hal ini.

M. Tibbits
sumber
8

Cukup mengejutkan melihat bahwa tidak ada jawaban yang menyebutkan makalah tutorial Rabiner tentang HMM.

Sementara implementasi praktis (bagian terakhir dari makalah ini) difokuskan pada pengenalan ucapan, makalah ini mungkin yang paling sering dikutip dalam literatur HMM, berkat sifatnya yang jelas dan disajikan dengan baik.

Dimulai dengan memperkenalkan rantai markov dan kemudian pindah ke HMM.

Zhubarb
sumber
5

Untuk aplikasi bioinformatika, teks klasik tentang HMM adalah Durbin, Eddy, Krough & Michison, "Analisis Biologi Urutan - Model Probabilistik Protein dan Asam Nukleat", Cambridge University Press, 1998, ISBN 0-521-62971-3. Ini teknis, tetapi sangat jelas dan saya merasa sangat berguna.

Untuk MCMC ada buku (versi a) terbaru oleh Robert dan Casella, " Memperkenalkan Metode Monte Carlo dengan R" , Springer, yang terlihat bagus, tapi saya belum punya kesempatan untuk membacanya (menggunakan R untuk contoh, yang merupakan cara yang baik untuk belajar, tetapi saya harus belajar R terlebih dahulu; o)

Dikran Marsupial
sumber
3

Berikut adalah beberapa catatan oleh Ramon van Handel di Princeton:

Kursus ini merupakan pengantar beberapa metode matematika, statistik dan komputasi dasar untuk model Markov tersembunyi.

Bagian pertama mencakup seperangkat aplikasi yang bagus dari HMM dalam biologi, keuangan, ...

Rodrigo de Azevedo
sumber
2

Berikut ini adalah pengantar interaktif yang bagus untuk Markov Chains http://setosa.io/ev/markov-chains/

Galina Alperovich
sumber
Karena pertanyaannya adalah meminta sumber daya untuk mempelajari Markov Chains, tautan ke tutorial sesuai di sini - ini adalah salah satu kasus di mana kami tidak akan mengharapkan jawaban Anda mandiri dan berusaha meringkas sepenuhnya isi tautan. - tetapi akan jauh lebih baik jika Anda dapat menemani tautan dengan sedikit deskripsi tentang apa yang dicakup oleh sumber daya ini, misalnya pada tingkat apa ia dilemparkan (prasyarat matematika apa pun?) dan topik apa yang dicakupnya.
Silverfish