Contoh laporan untuk analisis model campuran dengan menggunakan sedikit dalam biologi, psikologi dan kedokteran?

Karena konsensus umum tampaknya menggunakan model campuran melalui lmer()R daripada ANOVA klasik (untuk alasan yang sering dikutip, seperti desain yang tidak seimbang, efek acak silang dll.), Saya ingin mencobanya dengan data saya. Namun saya khawatir bahwa saya akan dapat "menjual" pendekatan ini kepada penyelia saya (yang mengharapkan analisis klasik dengan nilai p pada akhirnya) atau lambat kepada pengulas.

Bisakah Anda merekomendasikan beberapa contoh bagus artikel yang diterbitkan yang menggunakan model campuran atau lmer()untuk desain yang berbeda seperti tindakan berulang atau beberapa desain di dalam dan di antara subjek untuk bidang biologi, psikologi, kedokteran?

Pembaruan 3 (Mei, 2013): Makalah lain yang sangat bagus tentang model campuran dalam Psikologi dirilis dalam Journal of Memory and Language (meskipun saya tidak setuju dengan kesimpulan penulis tentang cara mendapatkan nilai p , lihat paket afexsebagai gantinya). Ini dengan sangat baik membahas tentang bagaimana menentukan struktur efek acak. Baca itu!

Barr, DJ, Levy, R., Scheepers, C., & Tily, HJ (2013). Struktur efek acak untuk pengujian hipotesis konfirmasi: Jaga agar tetap maksimal . Jurnal Memori dan Bahasa , 68 (3), 255-278. doi: 10.1016 / j.jml.2012.11.001

Pembaruan 2 (Juli, 2012): Sebuah makalah yang menganjurkan penggunaan dalam Psikologi (Sosial) ketika ada efek acak yang dilintasi (misalnya, peserta dan item).
Yang penting adalah: Ini menunjukkan cara mendapatkan nilai-p menggunakan paket pbkrtest :

Judd, CM, Westfall, J., & Kenny, DA (2012). Memperlakukan rangsangan sebagai faktor acak dalam psikologi sosial: Sebuah solusi baru dan komprehensif untuk masalah yang meluas tetapi sebagian besar diabaikan. Jurnal Kepribadian dan Psikologi Sosial , 103 (1), 54-69. doi: 10.1037 / a0028347
(hanya tersedia sebagai Word .doc)

Jake Westfall mengatakan kepada saya (per mail) bahwa alternatif untuk mendapatkan nilai-p untuk pendekatan Kenward-Rogers yang dianjurkan (digunakan dalam pbkrtest) adalah pendekatan Satterthwaite (kurang optimal), yang dapat ditemukan dalam paket MixMod menggunakan anovaTabfungsi.

Pembaruan kecil untuk pembaruan terakhir: Paket R saya afexberisi fungsi mixed()untuk mendapatkan nilai-p untuk semua efek dalam model campuran. Atau, carpaket sekarang juga mendapatkan nilai-p untuk model campuran dalam Anova()menggunakantest.statistic = "F"

UPDATE1: Makalah lain yang menggambarkan lme4

Kliegl, R., Wei, P., Dambacher, M., Yan, M., & Zhou, X. (2011). Efek eksperimental dan perbedaan individu dalam model campuran linier: memperkirakan hubungan antara efek spasial, objek, dan tarik dalam perhatian visual. Perbatasan dalam Psikologi Kuantitatif dan Pengukuran , 1, 238. doi: 10.3389 / fpsyg.2010.00238

Tanggapan Asli:

Saya tidak memiliki sejumlah contoh, hanya satu (lihat di bawah), tetapi ketahui beberapa makalah yang harus Anda kutip dari Psikologi / Ilmu Kognitif. Yang paling penting jelas:

Baayen, RH, Davidson, DJ, & Bates, DM (2008). Pemodelan efek campuran dengan efek acak silang untuk subjek dan item. Jurnal Memori dan Bahasa , 59 (4), 390-412. doi: 10.1016 / j.jml.2007.12.005

Satu lagi dari Baayen adalah:

Baayen, RH, & Milin, P. (2010). Menganalisis Waktu Reaksi. International Journal of Psychological Research , 3 (2), 12-28.

Saya sebenarnya sangat menyukai bukunya, yang juga memiliki bab pengantar yang bagus tentang model campuran (dan cukup murah untuk buku statistik):
Baayen, RH (2008). Menganalisis data linguistik: pengenalan praktis untuk statistik menggunakan R . Cambridge, Inggris; New York: Cambridge University Press.

Saya mungkin mengira dia juga memiliki banyak makalah yang digunakan lme4, tetapi karena minat utama saya bukan psikolinguistik, Anda mungkin ingin memeriksa beranda .

Dari bidang saya (penalaran), saya tahu makalah ini yang menggunakan lme4:

Fugard, AJB, Pfeifer, N., Mayerhofer, B., & Kleiter, GD (2011). Bagaimana orang mengartikan conditional: Bergeser ke arah conditional event. Jurnal Psikologi Eksperimental: Belajar, Memori, dan Kognisi , 37 (3), 635-648. doi: 10.1037 / a0022329

(Meskipun saya merasa mereka menggunakan tes rasio kemungkinan untuk membandingkan model yang hanya berbeda dalam parameter tetap, yang saya dengar bukan cara yang benar. Saya pikir Anda harus menggunakan AIC sebagai gantinya.)

Ini adalah makalah yang sangat dikutip pada model campuran untuk ekologi dan evolusi:

• Bolker dkk. (2009) Generalized linear mixed models: panduan praktis untuk ekologi dan evolusi tren dalam Ecology & Evolution Vol. 24 pp127-135 ( PDF ) ( dari ScienceDirect dengan tautan ke Konten Tambahan ).

Artikel berikut berupaya untuk mempromosikan penggunaan pemodelan multilevel dalam pengaturan ilmu sosial:

• Bliese, PD & Ployhart, RE (2002). Pemodelan Pertumbuhan Menggunakan Model Koefisien Acak: Bangunan Model, Pengujian, dan Ilustrasi, Metode Penelitian Organisasi, Vol. 5 No. 4, Oktober 2002 362-387.PDF

Mengutip abstrak:

Dalam artikel ini, penulis menggambarkan bagaimana pemodelan koefisien acak dapat digunakan untuk mengembangkan model pertumbuhan untuk analisis data longitudinal. Berbeda dengan diskusi sebelumnya tentang model koefisien acak, artikel ini memberikan panduan langkah-demi-langkah menggunakan kerangka perbandingan model. Dengan mendekati pemodelan dengan cara ini, penulis dapat membangun fondasi regresi dan secara progresif memperkirakan dan mengevaluasi model yang lebih kompleks. Dalam kerangka perbandingan model, artikel menggambarkan nilai menggunakan tes kemungkinan untuk membandingkan model alternatif (daripada ketergantungan khas pada tes signifikansi yang melibatkan parameter individu), dan artikel ini memberikan kode dalam bahasa sumber terbuka R untuk memungkinkan pembaca mereplikasi hasil.

Pemeriksaan artikel yang terdaftar di Google Cendekia mengutip makalah ini menyarankan beberapa petunjuk berguna lainnya .

Saya membaca Zuur, AF, Ieno, EN, Walker, N., Saveliev, AA, & Smith, GM (2009). Efek campuran model dan ekstensi dalam ekologi dengan R . New York, NY: Ilmu Springer + Media Bisnis, LLC. Ini ditulis untuk ahli ekologi, sehingga statistiknya cukup mudah diikuti; Saya pikir itu akan berguna bagi orang-orang dari disiplin ilmu lain, seperti kedokteran atau psikologi juga. Ada banyak studi kasus yang disertakan, dan masing-masing memiliki bagian terperinci tentang cara terbaik menulis statistik dalam sebuah makalah.

Contoh yang sangat baik menggunakan model campuran dalam ekologi adalah:

• " Demografi dan pengelolaan spesies invasif Hypericum perforatum . I. Menggunakan model efek campuran multi-level untuk mengkarakterisasi pertumbuhan, kelangsungan hidup dan kesuburan dalam kumpulan data jangka panjang " (Buckely, Briese dan Rees 2003).

Sayangnya ia menggunakan pustaka R yang lebih lama.