Saya sedang mengerjakan kumpulan data untuk mengevaluasi dampak pengeringan pada aktivitas mikroba sedimen. Tujuannya adalah untuk menentukan apakah dampak pengeringan bervariasi di antara jenis sedimen dan / atau kedalaman sedimen.
Desain eksperimental adalah sebagai berikut:
Faktor Sedimen pertama sesuai dengan tiga jenis sedimen (kode Sed1 , Sed2 , Sed3 ).
Untuk setiap jenis Sedimen, pengambilan sampel dilakukan pada tiga lokasi (3 situs untuk Sed1, 3 situs untuk Sed2, 3 situs untuk Sed3). Situs dikodekan: Site1 , Site2 , ..., Site9 .
Faktor berikutnya adalah Hidrologi : di setiap lokasi, pengambilan sampel dilakukan di plot kering dan plot basah (berkode Kering / Basah ).
Dalam masing-masing plot sebelumnya, pengambilan sampel dilakukan di dua Kedalaman( D1 , D2 ) rangkap tiga.
Ada total n = 108 sampel = 3 Sedimen * 3 Situs * 2 Hidrologi * 2 Kedalaman * 3 Replikasi.
Saya menggunakan fungsi lme di R (paket lnme) sebagai berikut:
Sediment<-as.factor(rep(c("Sed1","Sed2","Sed3"),each=36))
Site<-as.factor(rep(c("Site1","Site2","Site3","Site4","Site5","Site6","Site7","Site8","Site9"),each=12))
Hydrology<-as.factor(rep(rep(c("Dry","Wet"),each=6),9))
Depth<-as.factor(rep(rep(c("D1","D2"),each=3),18))
Variable<-rnorm(108)
mydata<-data.frame(Sediment,Site,Hydrology,Depth,Variable)
mod1<-lme(Variable~Sediment*Hydrology*Depth, data=mydata, random=~1|Site/Hydrology/Depth)
Saya menemukan contoh desain petak-petak-komparatif yang sebanding dan analisisnya di: http://www3.imperial.ac.uk/portal/pls/portallive/docs/1/1171923.PDF
Bisakah seseorang mengonfirmasi bahwa ini adalah cara yang tepat untuk menganalisis data ini?
Apakah Anda berpikir bahwa struktur acak ditentukan dengan benar sesuai dengan desain eksperimental saya?
sumber
Jawaban:
Ini agak terlambat, tapi saya pikir analisis Anda secara umum benar, dengan 3 komentar:
lme(Variable~Sediment_ef*Hydrology_ef*Depth_ef, data=mydata, random=~1|Site/Hydrology/Depth)
, bahkan jikaX_ef
danX
merupakan kolom yang identik.sumber