adonis in vegan: urutan variabel atau penggunaan strata

9

Saya menggunakan adonis()fungsi dalam veganpaket untuk menentukan 1) jika spesies inang yang muncul secara bersamaan bervariasi dalam komunitas mikroba mereka di beberapa situs, dan 2) jika situs berbeda. Saya telah memeriksa semua posting di CV dan SO, dan tidak ada jawaban yang jelas tentang bagaimana menentukan signifikansi beberapa faktor menggunakan fungsi adonis.

Saya pertama kali melakukan ini, seperti yang disarankan oleh /programming/26768779/vegan-adonis-unbalanced-design-ss-type-ii-or-iii :

di mana jacc adalah matriks ketidaksamaan yang menggunakan metrik jaccard

adonis <- adonis(jacc ~ Species + Site, data = df_compare)

adonis
Call:
adonis(formula = jacc ~ Species + Site, data = df_compare) 

Permutation: free
Number of permutations: 999

Terms added sequentially (first to last)

          Df SumsOfSqs MeanSqs F.Model      R2 Pr(>F)    
Species    2    0.6055 0.30273  1.7690 0.04981  0.004 ** 
Site       4    2.1378 0.53445  3.1231 0.17587  0.001 ***
Residuals 55    9.4122 0.17113         0.77432           
Total     61   12.1554                 1.00000           
---
Signif. codes:  0 ‘***’ 0.001 ‘**’ 0.01 ‘*’ 0.05 ‘.’ 0.1 ‘ ’ 1

Kemudian balikkan urutannya:

adonis_2 <- adonis(jacc ~ Site + Species, data = df_compare)

adonis_2

Call:
adonis(formula = jacc ~ Site + Species, data = df_compare) 

Permutation: free
Number of permutations: 999

Terms added sequentially (first to last)

          Df SumsOfSqs MeanSqs F.Model      R2 Pr(>F)    
Site       4    2.4385 0.60962  3.5623 0.20061  0.001 ***
Species    2    0.3048 0.15238  0.8904 0.02507  0.716    
Residuals 55    9.4122 0.17113         0.77432           
Total     61   12.1554                 1.00000           
---
Signif. codes:  0 ‘***’ 0.001 ‘**’ 0.01 ‘*’ 0.05 ‘.’ 0.1 ‘ ’ 1

Tetapi saya tidak tahu bagaimana menafsirkannya, karena urutannya penting, dan saya tidak begitu yakin apakah ada perbedaan di antara spesies.

Setelah beberapa pencarian saya memutuskan untuk menggunakan strata.

Saya pikir ini mengatakan: adalah spesies yang terjadi secara bersamaan berbeda ketika Anda hanya membandingkan spesies di situs yang sama. 

species_adonis <- adonis(jacc ~ Species, strata = df_compare$Site, data = df_compare)

species_adonis

Call:
adonis(formula = jacc ~ Species, data = df_compare, strata = df_compare$Site) 

Blocks:  strata 
Permutation: free
Number of permutations: 999

Terms added sequentially (first to last)

          Df SumsOfSqs MeanSqs F.Model      R2 Pr(>F)
Species    2    0.6055 0.30273  1.5464 0.04981  0.335
Residuals 59   11.5500 0.19576         0.95019       
Total     61   12.1554                 1.00000

Kemudian untuk mengajukan pertanyaan tentang situs, saya menggunakan spesies dalam pemblokiran.

Saya pikir ini mengatakan: apakah situs berbeda ketika Anda hanya membandingkan spesies yang sama

site_adonis <- adonis(jacc ~ Site, strata = df_compare$Species, data = df_compare)

Call:
adonis(formula = jacc ~ Site, data = df_compare, strata = df_compare$Species) 

Blocks:  strata 
Permutation: free
Number of permutations: 999

Terms added sequentially (first to last)

          Df SumsOfSqs MeanSqs F.Model      R2 Pr(>F)    
Site       4    2.4385 0.60962  3.5761 0.20061  0.001 ***
Residuals 57    9.7169 0.17047         0.79939           
Total     61   12.1554                 1.00000           
---
Signif. codes:  0 ‘***’ 0.001 ‘**’ 0.01 ‘*’ 0.05 ‘.’ 0.1 ‘ ’ 1

Kesimpulan saya adalah bahwa komunitas mikroba pada spesies tertentu berbeda di antara lokasi, tetapi komunitas mikroba tidak berbeda di antara spesies inang.

Apakah pendekatan saya benar atau saya salah menafsirkan penggunaan strata (yaitu pemblokiran)?

Atau apakah ada cara untuk rata-rata tes ketika saya mengubah urutan variabel?

r permutation-test sums-of-squares blocking MW Carly
sumber

Jawaban:

4

Seperti yang telah Anda catat sendiri, dengan menjalankan dua model adonis dengan faktor tetap Anda terbalik, Anda melihat bahwa kedua varians yang ditetapkan untuk masing-masing faktor, dan nilai-P berbeda setiap kali. Ini terjadi dalam desain yang tidak seimbang seperti milik Anda, di mana derajat kebebasan yang terkait dengan setiap faktor berbeda.
Dari deskripsi percobaan Anda, ini terlihat seperti kasus klasik dari desain bersarang tempat Spesies bersarang di Situs. Dalam hal ini model yang Anda cari akan terlihat seperti ini:
adonis <- adonis(jacc ~ Site / Species, strata = Site, data = df_compare).
Perhatikan bahwa persarangan harus dinyatakan dalam formulasi model dan strata (lihat balasan oleh Jari Oksanen ).

Roey Angel
sumber