Apa perbedaan antara regresi Ridge menggunakan glmnet R dan scikit-learn Python?

Saya akan melalui bagian LAB §6.6 tentang Ridge Regression / Lasso dalam buku 'Pengantar Pembelajaran Statistik dengan Aplikasi dalam R' oleh James, Witten, Hastie, Tibshirani (2013).

Lebih khusus lagi, saya mencoba menerapkan model scikit-learning Ridgeke dataset 'Hitters' dari paket R 'ISLR'. Saya telah membuat set fitur yang sama seperti yang ditunjukkan dalam kode R. Namun, saya tidak bisa mendekati hasil dari glmnet()model. Saya telah memilih satu parameter tuning L2 untuk dibandingkan. (Argumen 'alpha' di scikit-learn).

Python:

regr = Ridge(alpha=11498)
regr.fit(X, y)

http://nbviewer.ipython.org/github/JWarmenhoven/ISL-python/blob/master/Notebooks/Chapter%206.ipynb

Perhatikan bahwa argumen alpha=0dalam glmnet()berarti bahwa hukuman L2 harus diterapkan (regresi Ridge). Dokumentasi memperingatkan untuk tidak memasukkan nilai tunggal untuk lambda, tetapi hasilnya sama seperti di ISL, di mana vektor digunakan.

ridge.mod <- glmnet(x,y,alpha=0,lambda=11498)

Apa yang menyebabkan perbedaan?

Sunting:
Ketika menggunakan penalized()dari paket penalti dalam R, koefisiennya sama dengan scikit-learn.

ridge.mod2 <- penalized(y,x,lambda2=11498)

Mungkin pertanyaannya kemudian bisa juga: 'Apa perbedaan antara glmnet()dan penalized()kapan melakukan regresi Ridge?

Pembungkus python baru untuk kode Fortran aktual yang digunakan dalam paket R glmnet
https://github.com/civisanalytics/python-glmnet

r machine-learning scikit-learn regression Jordi
sumber

Sama sekali tidak terbiasa dengan regresi glmnet ridge. Tetapi secara default, sklearn.linear_model.Ridgeapakah estimasi intersep yang tidak dilakukan (standar) dan denda adalah sedemikian sehingga ||Xb - y - intercept||^2 + alpha ||b||^2diminimalkan b. Mungkin ada faktor 1/2atau 1/n_samplesatau keduanya di depan penalti, membuat hasil berbeda segera. Untuk memfaktorkan masalah penskalaan penalti, atur penalti ke 0 dalam kedua kasus, selesaikan perbedaan apa pun di sana, lalu periksa apa yang menambahkan penambahan penalti. Dan btw IMHO di sini adalah tempat yang tepat untuk menanyakan pertanyaan ini.

Jawaban:

Jawaban saya tidak ada faktor $\frac{1}{N}$

Berikut adalah dua referensi yang harus menjelaskan hubungan.

Dokumentasi sklearn mengatakan bahwa linear_model.Ridgemengoptimalkan fungsi tujuan berikut

{| X β - y |}_{2}^{2} + α {| β |}_{2}^{2}

$\left| X \beta - y \right|_2^2 + \alpha \left| \beta \right|_2^2$

Kertas glmnet mengatakan bahwa jaring elastis mengoptimalkan fungsi tujuan berikut

{| X β - y |}_{2}^{2} + λ (\frac{1}{2} (1 - α) {| β |}_{2}^{2} + α {| β |}_{1})

$\left| X \beta - y \right|_2^2 + \lambda \left( \frac{1}{2} (1 - \alpha) \left| \beta \right|_2^2 + \alpha \left| \beta \right|_1 \right)$

$\alpha$ $\alpha$ $\lambda$ $\alpha$

$\alpha = 0$ $\lambda = 2 \alpha_{\text{sklearn}}$ linear_model.Ridge

Matthew Drury
sumber

Dan saya benar-benar merindukan itu dalam komentar @eickenberg juga. Saya harus menggunakan standardize = FALSEdalam glmnet()untuk mendapatkan hasil yang identik.

Jordi

@ Jordan Anda harus terstandarisasi jika menggunakan linear_model.Ridgeuntuk analisis dunia nyata.

Matthew Drury

Saya mengerti bahwa linear_model.Ridgemodel sklearn membakukan fitur secara otomatis. Normalisasi adalah opsional. Saya bertanya-tanya mengapa saya kemudian perlu menonaktifkan standardisasi glmnet()untuk mendapatkan model untuk menghasilkan hasil yang identik.

Jordi

Jawaban Matthew Drury harus memiliki faktor 1 / N. Lebih tepatnya...

The dokumentasi glmnet menyatakan bahwa jaring elastis meminimalkan fungsi kerugian

\frac{1}{N} ‖ X β - y ‖_{2}^{2} + λ (\frac{1}{2} (1 - α) ‖ β ‖_{2}^{2} + α ‖ β ‖_{1})

$\frac{1}{N} \| X\beta - y \|_2^2 + \lambda \left( \frac{1}{2} (1 - \alpha) \, \| \beta \|_2^2 + \alpha \| \beta \|_1 \right)$

The dokumentasi sklearn mengatakan bahwa linear_model.Ridgememinimalkan fungsi kerugian

‖ X β - y ‖_{2}^{2} + α ‖ β ‖_{2}^{2}

$\| X\beta - y \|_2^2 + \alpha \| \beta \|_2^2$

yang setara dengan meminimalkan

\frac{1}{N} ‖ X β - y ‖_{2}^{2} + \frac{α}{N} ‖ β ‖_{2}^{2}

$\frac{1}{N} \| X\beta - y \|_2^2 + \frac{\alpha}{N} \| \beta \|_2^2$

$\alpha = 0$ $\displaystyle{\lambda = \frac{2}{N} \alpha_{\text{sklearn}}}$

library(glmnet)
X = matrix(c(1, 1, 2, 3, 4, 2, 6, 5, 2, 5, 5, 3), byrow = TRUE, ncol = 3)
y = c(1, 0, 0, 1)
reg = glmnet(X, y, alpha = 0, lambda = 2 / nrow(X))
coef(reg)

output glmnet: –0.03862100, –0.03997036, –0.07276511, 0.42727955

import numpy as np
from sklearn.linear_model import Ridge
X = np.array([[1, 1, 2], [3, 4, 2], [6, 5, 2], [5, 5, 3]])
y = np.array([1, 0, 0, 1])
reg = Ridge(alpha = 1, fit_intercept = True, normalize = True)
reg.fit(X, y)
np.hstack((reg.intercept_, reg.coef_))

output sklearn: –0.03862178, –0.0399697, –0.07276535, 0.42727921

pengunjung
sumber

Perbedaan definisi parameter dan penskalaannya yang digunakan di perpustakaan yang berbeda adalah sumber kebingungan yang umum.

AaronDefazio

Aku tidak menyangka kalau aku dan Gung salah.

Michael R. Chernick

Ya, Anda berdua salah. Alasan Anda menolak edit saya memperjelas bahwa Anda berdua tidak melihat komentar saya "Faktor yang hilang 1 / N" di stats.stackexchange.com/review/suggested-edits/139985

pengunjung

Hasil edit Anda mungkin ditolak karena itu mengubah lebih dari hanya apa yang Anda klaim. Jika Anda ingin mengedit posting saya dan hanya mengubah faktor yang hilang, silakan lakukan, tetapi mengubah tautan dan kata-kata saya dan kode juga berlebihan. Komentar tentang perlakuan tidak adil Anda dalam jawaban Anda tidak pantas, dan tidak terkait dengan konten pertanyaan, harap hapus mereka. Kata-kata Anda juga menjabarkan jawaban saya, ini bukan cara yang tepat untuk menanggapi hasil edit yang ditolak. Kami akan senang memberikan kontribusi Anda yang berharga kepada komunitas kami, tetapi tolong jadikan diri Anda norma-norma kami sebelum mengeluarkan kami.

Matthew Drury

\frac{1}{N}

$\frac{1}{N}$