Apa cara yang disukai untuk menginstal paket R di Ubuntu?

Saya menginstal di R di ubuntu, tapi saya agak bingung dengan banyak opsi yang ada untuk menginstal paket.

Cara tradisional adalah menginstalnya, di dalam R, dengan melakukan install.package(). Namun Ubuntu menawarkan kemungkinan untuk menginstal apt-get. Ini menarik karena OS akan terus memperbarui paket. Karena mereka hanya memiliki beberapa paket yang tersedia, itu akan membuat masalah cepat atau lambat. Saya akhirnya akan menginstal paket melalui cara tradisional, menginstalnya dengan cara yang berbeda, dan mungkin (?) Ini juga akan membuat masalah versi.

Apa cara yang disukai untuk menginstal dan menyimpan paket R di Ubuntu?

Saya pikir satu-satunya paket R yang tersedia melalui repo Ubuntu adalah paket yang dikelola oleh tim inti pengembangan R. Seperti kebanyakan paket, paket yang tersedia melalui aptatau sinaptik tidak selalu merupakan versi terbaru. Untungnya Anda memiliki opsi untuk menambahkan sumber perangkat lunak yang dikelola CRAN dengan membuat file baru /etc/apt/sources.list.d/CRAN.listyang berisi satu baris teks:

deb http://cran.r-project.org/bin/linux/ubuntu trusty/

(ganti trusty/dengan nama kode distribusi Anda; jika Anda tidak tahu itu ketik di lsb_release -cterminal). Setelah itu (dan apt update) paket manajer Anda akan selalu menginstal (atau update ke) versi Cran-dipertahankan dari r-base, r-base-core, dll, karena mereka akan memiliki nomor versi yang lebih tinggi daripada yang di sumber-sumber debian. Lihat di sini jika ada aptkeluhan tentang repo yang tidak ditandatangani.

Untuk semua paket lain (AKA "paket kontribusi"), saya lebih suka menginstal dalam R melalui install.packages(c("name_of_package", "name_of_other_package"))kapan pun memungkinkan, kecuali saya tahu pasti bahwa versi pada CRAN sudah tua dan bahwa versi yang lebih baru memiliki fungsi yang saya butuhkan. Dalam kasus tersebut, Anda dapat menginstal dari GitHub dengan devtools::install_github('AccountName/RepositoryName')atau mengunduh arsip dan menginstalnya dari jendela terminal melalui R CMD INSTALL name_of_package.tar.gz, atau dalam R via install.packages("/path/to/downloaded/package.tar.gz", repos=NULL, type="source").

Untuk kelengkapan, berikut adalah panduan resmi dari CRAN .

Saya biasanya menginstal menggunakan apt-get r-cransedapat mungkin, karena ini menangani dependensi dan pembaruan dengan cara yang lebih bersih. Hanya jika tidak tersedia saya akan menggunakan instal dari dalam R.

Perhatikan bahwa ada dua repositori untuk paket R Debian:

1. Official R: menyediakan beberapa paket. Untuk memasukkannya, Anda perlu menambahkan tautan ke repo yang memperbarui file source.list Anda . Ini didokumentasikan pada halaman CRAN-ubuntu , kemudian jalankan apt-get update, kemudian tingkatkan

2. PPA: Michael rutter menyediakan ppa , cran2deb4ubuntu , yang berisi lebih banyak paket. Untuk beberapa dokumentasi, lihat bagian akhir blog ini . Anda hanya perlu menjalankan (kemudian setelah pembaruan / peningkatan):

    sudo add-apt-repository ppa:marutter/c2d4u
   

Harap dicatat bahwa untuk R 3.5.0 nama repo telah berubah dan lib Task Views yang dikompilasi oleh Michael Rutter sekarang tersedia dari cran2deb4ubuntu_3.5