Bagaimana cara menginstal rgdal di Ubuntu 12.10?

16

Saya sedang berusaha menginstal rgdalperpustakaan di Ubuntu 12.10.

Instalasi dari dalam R menghasilkan kesalahan:

Galat: gdal-config tidak ditemukan Skrip gdal-config yang didistribusikan dengan GDAL tidak dapat ditemukan. Jika Anda belum menginstal pustaka GDAL, Anda dapat mengunduh sumber dari http://www.gdal.org/ Jika Anda telah menginstal pustaka GDAL, maka pastikan gdal-config ada di jalur Anda. Coba ketikkan gdal-config di prompt shell dan lihat apakah itu berjalan. Jika tidak, gunakan: --configure-args = '- with-gdal-config = / usr / local / bin / gdal-config' dengan nilai yang sesuai untuk instalasi Anda.

GALAT: konfigurasi gagal untuk paket 'rgdal' * menghapus '/home/rdk/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/2.15/rgdal' Peringatan di install.packages: pemasangan paket 'rgdal' tidak keluar dari nol status

R-sig-Geo , ini dua pertanyaan SE dan situs web lainnya menunjuk saya ke persyaratan libgdal1-dev.

Tetapi ketika saya mencoba

sudo apt-get install libgdal1-dev

Saya berakhir dengan pesan kesalahan lain

Beberapa paket tidak dapat diinstal. Ini mungkin berarti bahwa Anda telah meminta situasi yang tidak mungkin atau jika Anda menggunakan distribusi yang tidak stabil bahwa beberapa paket yang diperlukan belum dibuat atau dipindahkan dari Incoming. Informasi berikut dapat membantu menyelesaikan situasi:

Paket-paket berikut memiliki dependensi yang tidak terpenuhi: libgdal1-dev: Tergantung: libgdal-dev tetapi tidak akan diinstal E: Tidak dapat memperbaiki masalah, Anda telah memegang paket yang rusak.

Lagi - ketika saya mencoba untuk menginstal libgdal-devkesalahan dependensi lain muncul

Paket-paket berikut memiliki dependensi yang tidak terpenuhi: libgdal-dev: Depends: libgeos-dev tetapi tidak akan diinstal. Depends: libspatialite-dev tetapi tidak akan diinstal

Sekali lagi mencoba libgeos-devmemberikan pesan:

Depends: libgeos-c1 (= 3.3.3-1.1) but 3.3.3-2~precise2 is to be installed
E: Unable to correct problems, you have held broken packages.

dan libspatialite-dev:

Depends: libspatialite3 (= 3.1.0~rc2-1ubuntu1) but
3.1.0~rc2-2~precise1 is to be installed

Apakah ada cara untuk menjinakkan dependensi tersebut dan telah rgdalberjalan di Ubuntu?

Saya sessionInfo()

R versi 2.15.1 (2012-06-22) Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)

r Radek
sumber
1
Di Ubuntu 12,04 menginstal libgdal-dev & libgdal1-dev bekerja dengan baik - mungkin itu karena Quantal (12.10) cukup baru dan pengelola paket belum memperbarui versi yang tepat? (Sebenarnya, mengapa ia mengatakan akan menginstal 3.3.3-2~precise2ketika Anda menggunakan kuantal?)
mathematical.coffee
1
@ mathematical.coffee Benar. Saya melakukan ini di QQbeta2 beberapa minggu yang lalu, tetapi saya tidak ingat caranya. Coba atur repositori CRAN di /etc/apt/sources.list precisedaripada quantal.
Ari B. Friedman
2
Apakah Anda melihat apakah Anda bisa mendapatkan r-cran-rgdal melalui PPA Michael?
Dirk Eddelbuettel
mathematical.coffee: Mungkin juga terlalu dini. Ari: Saya memperbarui repo CRAN - terima kasih atas tipnya. Dirk: Maafkan ketidaktahuan saya - apakah kita berbicara tentang launchpad.net/~marutter/+archive/c2d4u
radek
@radek diberikan jawaban Josh O'Brien di bawah ini untuk 14,04, mungkin perlu mengedit pertanyaan Anda untuk membuatnya lebih umum untuk rilis Ubuntu lainnya. Saya pikir akan bermanfaat jika memiliki pertanyaan kanonik untuk ini.
amc

Jawaban:

24

Jawaban yang lebih baru dapat ditemukan di sini: http://robinlovelace.net/r/2013/11/26/installing-rgdal-on-ubuntu.html .

Pada dasarnya, tiga baris kode berikut harus mengurutkannya:

sudo apt-get install aptitude # install aptitude as an alternative to apt-get
sudo aptitude install libgdal-dev # install the package (you may have to respond to queries here)
sudo aptitude install libproj-dev # install the proj.4 projection library

Menghabiskan waktu untuk masalah ini, jadi harap jawaban yang diperbarui ini bermanfaat bagi orang lain. Beri tahu saya kalau begitu!

RobinLovelace
sumber
Punya masalah dengan rgdalsekali lagi ... dan menemukan pertanyaan saya sendiri di sini. Kali ini solusi Anda menyelesaikan masalah.
radek
Ini adalah berguna. Terima kasih banyak telah meluangkan waktu untuk merekam langkah-langkah ini.
Josh O'Brien
1
sudo apt-get install r-cran-rgdal # perintah ini juga melakukannya dan menginstal dependensi secara otomatis
RobinLovelace
13

Coba jalankan semuanya bersama-sama dan tentukan versinya, seperti ini:

sudo apt-get install libgdal1-dev libgdal-dev libgeos-c1=3.3.3-1.1 libspatialite3=3.1.0~rc2-1ubuntu1

apt-get tidak suka menurunkan versi paket, tetapi itu akan terjadi jika Anda menentukannya.

Rucent88
sumber
Terima kasih - sepertinya berhasil. Akankah pembaruan di masa depan menyebabkan beberapa konflik dengan solusi seperti itu?
radek
2
Mereka mungkin menyebabkan masalah peningkatan, ya. Untuk mencegah paket ditingkatkan, jalankan ini untuk setiap paket:echo packagename hold | sudo dpkg --set-selections
Rucent88
4

Sini pada bulan Januari 2016, pada Ubuntu 14.04.2 (dan dengan R 3.2.2), yang saya butuhkan berikut ini untuk mendapatkan kedua rgdal dan saling melengkapi (dan sering sangat berguna) gdalUtils paket yang diinstal:

sudo apt-get update
sudo apt-get -y install libgdal1h
sudo apt-get -y install libgdal1-dev
sudo apt-get install libproj-dev
sudo apt-get install gdal-bin
Rscript 'install.packages(c("rgdal", "gdalUtils"))'

Pembaruan: Pada Januari 2017, versi libgdal adalah 1i, sehingga baris kode kedua harus berbunyi:

sudo apt-get -y install libgdal1i
Josh O'Brien
sumber
3

Buka terminal dengan menekan (Ctrl + alt + T) dan ketik perintah berikut.

sudo apt-get pembaruan

sudo apt-get install -f

(Ini akan memperbaiki dependensi.)

sudo apt-get autoremove

(menghapus paket yang tidak perlu)

sudo apt-get clean

(Kosongkan cache)

Ketan Patel
sumber
Terima kasih. Saya mencoba solusi Anda (autoremove tidak menendang apa pun) - sayangnya itu tidak membantu.
radek
1
Ini menghapus jika ada paket yang tidak perlu, kadang-kadang menjadi penting untuk menghapusnya ketika sistem Anda memilikinya.
Ketan Patel
3

Untuk mendapatkan rgdal untuk diinstal pada Ubuntu 12.04, saya harus menginstal (dan menahan) banyak paket versi tertentu. Pada dasarnya saya mencoba setiap paket dan menginstal versi dependensi yang diperlukan sampai saya dapat bekerja kembali ke tujuan semula, untuk menginstal libgdal1-dev

sudo apt-get install libspatialite3=3.0.0~beta20110817-3
echo libspatialite3 hold | sudo dpkg --set-selections
sudo apt-get install libspatialite-dev
sudo apt-get install libgeos-c1=3.3.3-1.1~pgdg12.4+1
echo libgeos-c1 hold | sudo dpkg --set-selections
sudo apt-get install libgdal1=1.9.0-3.1~pgdg12.4+1
echo libgdal1 hold | sudo dpkg --set-selections

sudo apt-get install libgdal-dev
sudo apt-get install libgdal1-dev
gdal-config # now works, and can now install rgdal
tom
sumber