Alat Bioinformatika dan Komputasi Biologi apa yang tersedia?

Hari ini, saya diminta untuk mencari versi Ilmiah dari Ubuntu. Mereka sebenarnya mencari alat untuk melakukan analisis urutan DNA, verifikasi protein, estimasi, dan banyak tugas terkait biologi.

Pertama:

1. Apakah ada versi ilmiah, berorientasi bio dari Ubuntu

2. Apakah ada alat untuk melakukan analisis ilmiah seperti poin-poin yang disebutkan di atas.

Saya melakukan beberapa Googling pada berbagai Sistem Operasi dan alat Riset berbasis Debian, RHEL dan Virtal Machine untuk biologi komputasi dan bioinformatika. Beberapa yang patut dicatat dirangkum di bawah ini:

Debian Med : sistem operasi Debian yang sangat cocok untuk persyaratan untuk praktik medis dan penelitian biomedis.

DNALinux : adalah Mesin Virtual dengan perangkat lunak bioinformatik yang sudah diinstal sebelumnya.

Bioknoppix : adalah distribusi khusus dari Knoppix Linux Live CD. Muncul dengan aplikasi yang ditargetkan untuk ahli biologi molekuler. Selain menggunakan beberapa RAM, Bioknoppix tidak menyentuh komputer host (karena itu adalah Live-CD), dan sangat ideal untuk demonstrasi, mahasiswa biologi molekuler, bengkel, dll.

Vigyaan : ("Vigyaan" berarti "Sains" dalam bahasa hindi. Tapi ini bukan saya yang terlalu Scientific Linux). Vigyaan adalah meja kerja elektronik untuk bioinformatika, biologi komputasi, dan kimia komputasi. Ini telah dirancang untuk memenuhi kebutuhan pemula dan ahli. VigyaanCD adalah CD Linux langsung yang berisi semua perangkat lunak yang diperlukan untuk mem-boot komputer dengan perangkat lunak pemodelan yang siap digunakan. VigyaanCD v1.0 didasarkan pada KNOPPIX v3.7.

VLinux : adalah distribusi dan alat Linux untuk mahasiswa dan peneliti di Bioinformatika. Ini didasarkan pada OpenSUSE dan dibangun menggunakan Novell's Suse Studio.

BioSLAX : adalah rangkaian CD / DVD langsung dari alat bioinformatika yang telah dirilis oleh tim sumber daya dari BioInformatics Center (BIC), National University of Singapore (NUS). Di-boot dari PC mana pun, CD / DVD ini menjalankan rasa SLACKWARE terkompresi dari sistem operasi LINUX yang juga dikenal sebagai SLAX.

Bio-Linux 6.0 : adalah workstation bioinformatika yang berfitur lengkap, kuat, dapat dikonfigurasi, dan mudah dirawat. Bio-Linux menyediakan lebih dari 500 program bioinformatika pada basis Ubuntu Linux 10,04. Ada menu grafis untuk program bioinformatika, serta akses mudah ke sistem dokumentasi bioinformatika Bio-Linux dan data sampel yang berguna untuk program pengujian. Anda juga dapat menginstal paket Bio-Linux untuk menangani tipe data urutan generasi baru.

Pendapat saya sebagai ahli bioinformatika adalah mengunduh dan menjalankan semua rasa Linux yang cocok untuk Anda. Hampir semua gratis untuk diunduh dan digunakan. Dalam penelitian saya, saya menggunakan Ubuntu dan CentOS. Saya akan membagikan pengalaman saya.

CentOS : Jika Anda menginstal semua perpustakaan selama pengaturan, Anda tidak akan menemui banyak masalah nanti. Saya telah menggunakan paket Molecular Dynamics AMBER dan Desmond di atasnya. Ini berjalan secara umum tanpa menimbulkan banyak masalah.

Ubuntu: Karena itu tidak datang dengan banyak perpustakaan pra-instal, Anda harus tahu di mana menemukan informasi tentang menjalankan perangkat lunak di dalamnya. Namun, karena Ubuntu sangat populer di kalangan peneliti , saya tidak menemukan alasan mengapa Anda tidak harus mencobanya. Jika Anda mengalami kesulitan dalam menginstal atau menjalankan perangkat lunak, Anda dapat memposting pertanyaan pada milis tertentu yang terkait dengan perangkat lunak tertentu. Dalam program pusat perangkat lunak Ubuntu seperti Pymol , AutoDock , Unipro UGENE dll. Tersedia. Gromacs tersedia sebelumnya (saya tidak menemukannya dalam 12,04).

Saya sangat menyarankan Anda untuk mengambil upaya satu kali dan menginstal semua perangkat lunak yang berguna di Ubuntu dan kemudian menggunakan Remastersys untuk membuat salinan OS Anda untuk meletakkannya di Desktop dan Workstation yang Anda inginkan.

Secara pribadi, saya melihat ruang lingkup yang sangat luas dalam memiliki OS Linux khusus yang ditargetkan untuk pemirsa penelitian biologi dan kimia.

Semoga ini bisa membantu.

Bio-Linux adalah workstation bioinformatika dengan basis Ubuntu.

Selain itu ada banyak program / alat yang berorientasi pada biologi untuk Ubuntu, yang disebutkan dan diuraikan di sini .

Sejauh yang saya tahu, tidak ada distribusi khusus untuk tujuan ini.

(Ada distribusi yang disebut Scientific Linux , yang didasarkan pada RedHat / Centos, tetapi sebagian besar dikembangkan oleh dan menargetkan kebutuhan Fisika Energi Tinggi (dan tidak memiliki kemampuan umum yang kurang dalam stok Ubuntu).)

Ada kategori biologi (di bawah sains / teknik) dengan koleksi paket, meskipun jumlah aplikasi ilmiah khusus yang dikemas dengan ubuntu relatif kecil (dan saya berharap ini juga akan menjadi kasus untuk distribusi lain yang mungkin Anda lihat). Sains + Teknik / Biologi mendaftar beberapa tetapi tampaknya tidak up-to-date.

Oleh karena itu, banyak alat sains, walaupun tidak ada di tempat penampungan resmi, menyediakan paket yang kompatibel dengan ubuntu (.deb) yang dapat Anda unduh (misalnya libSBML ), atau binari linux generik (misalnya Copasi ), atau platform netral (ditulis dalam java, python dll) dan karenanya harus berjalan cukup bahagia di Ubuntu (misalnya ImageJ ).

Saya menggunakan Ubuntu untuk pekerjaan biologi komputasi, meskipun ini terutama melibatkan bekerja dengan alat tujuan umum (misalnya R, python) daripada aplikasi khusus.

Saya melihat ada beberapa remix Ubuntu Science yang tersedia, tetapi semuanya tampaknya telah mati. Ini tampaknya menjadi jalan dengan banyak remix Ubuntu, karena sering kali mereka tidak menawarkan banyak selain untuk hanya menginstal beberapa aplikasi secara otomatis, sehingga mereka tidak mendapatkan massa kritis yang dibutuhkan oleh pengembang untuk menjaga mereka tetap up .

Saran saya adalah menggunakan distro berbasis sains yang solid, seperti Scientific Linux , yang digunakan (dan dikembangkan oleh) oleh Fermilab, CERN, dll. Ini adalah distro yang tidak akan kemana-mana dalam waktu dekat, dan memiliki banyak dukungan dari komunitas ilmiah. Sayangnya, ini didasarkan pada Red Hat, jadi itu mungkin tidak sesuai dengan kebutuhan Anda dengan sempurna.

Jika Anda perlu menggunakan Ubuntu, ada beberapa aplikasi ilmiah yang tersedia di dalam repo, jalankan Ubuntu Software Center dan telusuri "Science & Engineering" -> Biology. Saya tidak yakin akan kegunaan program-program ini, karena tidak sesuai dengan keahlian saya. Jika cukup, Anda dapat menyiapkan skrip bash cepat yang menginstal semuanya saat Anda menyiapkan mesin baru.