Masalah dengan sequencer DNA

11

Saya baru-baru ini mendapatkan sequencer Minion USB genome (DNA), yang mengecewakan saya tampaknya tidak berfungsi dengan baik di Ubuntu.

Saya menggunakan rilis Ubuntu 12,04. Sequencer terdeteksi dengan benar oleh skrip / driver yang menyertainya, tetapi tampaknya tidak dapat mendeteksi sampel.

Saya melampirkan tangkapan layar proses. Bantuan apa pun akan sangat dihargai!

masukkan deskripsi gambar di sini

drivers usb Richard Rodriguez
sumber
1
Coba jalankan skrip / program pengumpulan sampel sebagai root dengangksu
nanofarad
Apakah perangkat melempar beberapa pesan berguna ke / var / log / syslog atau sesuatu?
Christian

Jawaban:

2

Melihat perangkat terdeteksi dengan baik oleh skrip, sepertinya masalah Anda lebih pada masalah sekuensing gen, daripada menjadi masalah Ubuntu. Apakah ada utilitas lain yang memungkinkan Anda berkomunikasi dengan sequencer untuk fitur lain, mungkin rutin kalibrasi? Jika Ubuntu dapat berkomunikasi dengan mesin dan membuatnya melakukan hal-hal lain, saya berharap masalahnya adalah dengan sequencer gen daripada dengan komputer. Tes lain yang mungkin adalah mencoba menggunakan sistem operasi lain, jika ada perangkat lunak yang tersedia. Terakhir, pastikan sequencer Anda memiliki firmware terbaru, dan perangkat lunak yang Anda gunakan untuk terhubung sudah terbaru.

Danbsmith
sumber
Ada hal lain yang saya akan berspekulasi, yaitu, menjalankannya dari shell mungkin tidak memberikan yang terbaik dari prioritas. Ini adalah sequencer nanopore Oxford yang membutuhkan autentikasi penuh sebelum dapat diizinkan pada grid mereka. Dia tidak memiliki informasi yang cukup untuk menjalankan dan mengakses sampel - itulah yang saya pikirkan.
all4naija
Ini adalah sequencer DNA mandiri. Antarmukanya kemungkinan besar merupakan adaptor port serial USB normal yang digunakan oleh skrip yang disediakan - yang tampaknya berfungsi dengan baik. Saya setuju bahwa masalahnya mungkin dengan ujung hal-hal, dan bukan antarmuka dengan komputer. GridION bukan platform "cloud computing", ini adalah array paralel dari sequencer gen untuk pekerjaan yang lebih besar.
Adrian
Untuk informasi lebih lanjut: nanoporetech.com/technology/the-gridion-system/…
all4naija
1

Tebakan liar: Mungkinkah ini masalah izin? Beberapa perangkat berfungsi dengan baik untuk beberapa operasi ketika dijalankan sebagai pengguna biasa, tetapi memerlukan roothak istimewa untuk melakukan operasi lain. Dengan demikian, Anda dapat mencoba sudo ./gseqdan melihat apakah itu membantu. Jika itu membantu tetapi Anda tidak ingin menjalankannya rootsepanjang waktu, Anda dapat melacak file perangkat dan mengubah izinnya untuk memberi diri Anda akses ke perangkat menggunakan akun normal Anda. Ini mungkin melibatkan pembuatan aturan udev. Saya tidak akan membahasnya di sini karena solusi ini agak sulit.

Rod Smith
sumber
0

Apakah mungkin masa pakai perangkat 6 jam telah terlampaui? Sepertinya ini lebih merupakan kesalahan perangkat atau masalah proses. Dukungan teknis MinION mungkin harus menjadi kontak utama Anda untuk menyelesaikan masalah ini karena tampaknya program berkomunikasi dengan perangkat.

Chris

fabricator4
sumber