R 3.5.0 untuk Ubuntu

23

Paket instalasi R 3.5.0 untuk Ubuntu Xenial (16.04) belum ada di situs mirror ubuntu. Apakah ada metode alternatif untuk memperbarui R ke 3.5.0 di ubuntu xenial? Atau, apakah ada metode berbeda untuk memperbarui R ke 3.5.0?

16.04 software-installation r Larry
sumber
1
Apakah Anda sudah melihat langkah-langkah ini ? Penulis tidak secara eksplisit mengatakannya di mana saja, tetapi ini adalah petunjuk untuk menginstal 3.5
Hee Jin
Coba di sini: askubuntu.com/questions/862403/…
valiano
1
@ Emily: Panduan yang Anda tautkan adalah tentang menginstal R dari sumber.
krlmlr
1
@valiano: Ini menjawab pertanyaan yang berbeda.
krlmlr

Jawaban:

24

R 3.5 saat ini hanya tersedia dari PPA, karena beberapa paket CRAN bermasalah dengan R 3.5.

Lanjutkan dengan risiko Anda sendiri.

Prosedur yang berhasil bagi saya adalah:

  1. Hapus semua r-cran-*paket dari sistem Anda (YMMV, saya biasanya menginstal paket dari sumber dan hanya punya sedikit paket)

    • Cari dengan dpkg -l | grep r-cran-

  2. Tambahkan Michael Rutter's PPA :

    sudo add-apt-repository ppa:marutter/rrutter3.5
sudo apt-get update

  3. Tingkatkan R

    sudo apt install r-api-3.5

  4. Instal semua paket yang Anda butuhkan dari sumber (ke perpustakaan pribadi atau situs melalui install.packages()) atau dengan menginstal r-cran-*paket Ubuntu yang sesuai .

    Saya menggunakan skrip berikut untuk menginstal ulang semua paket paket saya dari perpustakaan situs pribadi saya untuk R 3.4:

    installed <- rownames(installed.packages())
pkgs <- dir("~/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.4")
new <- setdiff(pkgs, installed)
new
install.packages(new)

    Jika Anda memiliki mesin dengan banyak CPU, Anda dapat mempercepat prosesnya, misalnya:

    install.packages(new, Ncpus = 6)

Referensi

krlmlr
sumber
3
Metode di atas bekerja sepenuhnya dengan benar untuk saya. (Terima kasih kepada Krlmlr.) Dua saran tambahan untuk mereka yang tidak berpengalaman dengan Ubuntu: 1. Hapus paket r-cran- sebelumnya dengan: sudo apt-get remove r-cran- * 2. Setelah menambahkan PPA Michael Rutter, ingatlah untuk menjalankan: sudo apt-get update
Larry
Metode di atas bekerja sepenuhnya dengan benar untuk saya. (Terima kasih kepada Krlmlr.) Dua saran tambahan untuk mereka yang tidak berpengalaman dengan Ubuntu: 1. Hapus paket r-cran- sebelumnya dengan: sudo apt-get remove r-cran- * 2. Setelah menambahkan PPA Michael Rutter, ingatlah untuk menjalankan: sudo apt-get update sebelum menjalankan: sudo apt install r-api-3.5
Larry
@Larry: Terima kasih. Bisakah Anda mengedit posting?
krlmlr
@ krlmlr Saya sarankan Anda menghapus Ncpus = 6dari jawabannya. Ini dapat menyebabkan perlambatan yang tidak terduga, khususnya bagi orang-orang yang (i) tidak membaca kode sepenuhnya sebelum menyalin / menempel; dan (ii) akan melakukan ini di komputer pribadi. Opsi ini juga tidak diperlukan untuk jawabannya.
fridaymeetssunday
1
@fridaymeetssunday: Menambahkan komentar. Setuju bahwa Ncpus = 6mungkin lambat pada mesin yang lemah, tapi kemudian tidak ada yang harus menyalin-menempel tanpa setidaknya memindai kode.
krlmlr
13

Situs CRAN telah diperbarui sejak tanggapan @ krlmlr pada awal Juni: https://cran.r-project.org/bin/linux/ubuntu/ .

Instruksi CRAN memiliki beberapa langkah, tetapi ringkasannya adalah bahwa sources.listfile tersebut harus merujuk repositori yang khusus untuk versi 3.5.x & 3.6.x. Entri seperti ini

deb https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu xenial-cran35/

bukannya entri (tanpa versi) sebelumnya dari

deb https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu xenial/

Deskripsi yang relevan dari situs web (yang pada akhirnya akan berubah):

Paket R 3.6 untuk Ubuntu pada i386 dan amd64 tersedia untuk rilis Desktop paling stabil dari Ubuntu sampai akhir masa pakainya. Namun, hanya rilis Dukungan Jangka Panjang (LTS) terbaru yang didukung sepenuhnya. Pada tanggal 18 November 2018, rilis yang didukung adalah Xenial Xerus (16.04; LTS), Trusty Tahr (14.04; LTS), Bionic Beaver (18.04; LTS), Cosmic Cuttlefish (18.10), dan Disco Dingo (19.04). Catatan, untuk menginstal paket R 3.6, diperlukan entri sources.list yang berbeda. Lihat di bawah untuk detailnya. Meskipun R telah pindah ke versi 3.6, untuk kompatibilitas entri sources.list masih menggunakan penunjukan cran3.5.

sunting 2019-05-13: pembaruan untuk rilis bulan lalu dari R 3.6.0.

wibeasley
sumber
2

The xenial-cran35/versi repo tidak bekerja jika Anda memiliki "rilis default" set di apt, seperti yang terjadi di beberapa distro yang bekerja di atas Ubuntu, seperti Mint. Untuk distro Mint saya, ada file /etc/apt/apt.conf.d/01ubuntudi dalamnya yang menyatakan Default-Release "xenial"; Apa artinya ini, karena r-base ada di repo ubuntu di versi 3.2, dengan rilis "xenial", itu tidak akan pernah menggunakan cabang 3,6 dari repo lain, karena nama rilis untuk repo itu adalah "xenial-cran35". Anda perlu mengedit file itu untuk mengubah rilis default ke "xenail-cran35", atau melakukan sesuatu yang lebih runcing menggunakan file preferensi apt ( https://wiki.debian.org/AptPreferences#A.2Fetc.2Fapt.2Fpreferences ).

Ini pada dasarnya kesalahan R karena memiliki repo yang diformat dengan buruk. Mereka seharusnya memiliki 2 repo, yang masing-masing memiliki folder rilis "xenial", satu url untuk pekerjaan cabang 3,2 dan satu untuk pekerjaan cabang 3,5+. Alih-alih, mereka memiliki satu repo, dan telah mem-bastardkan "nama rilis" sebagai gantinya, yang kebetulan bekerja pada Ubuntu dasar, tetapi tidak akan bekerja jika Anda memiliki konfigurasi apt non-basis dengan cara ini.

Scott
sumber
0

Ini perlu dilakukan seperti saat ini:

sudo apt purge r-base* r-recommended r-cran-*
sudo apt autoremove
sudo add-apt-repository 'deb https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu bionic-cran35/'
sudo apt-key adv --keyserver keyserver.ubuntu.com --recv-keys E298A3A825C0D65DFD57CBB651716619E084DAB9
sudo apt update
sudo apt install r-base-dev

'bionik' dapat diubah ke versi ubuntu Anda; periksa dokumen R: https://cran.r-project.org/bin/linux/ubuntu/

/programming//a/56378217/4549682

kata selanjutnya
sumber