libXtst.so.6: tidak dapat membuka file objek bersama: Tidak ada file atau direktori tersebut

2

UPDATE: setelah qsub berkali-kali saya perhatikan bahwa ketika nama host adalah opt ### tampaknya berfungsi, tetapi untuk node lain di mana nama host dari topologi int ### berbeda, itu tidak. Saya sudah membahas ini dengan manajer klaster dan ini adalah apa yang dia katakan "Entah bagaimana perpustakaan itu hanya diinstal pada opt * node dan bukan yang lain. Itu tidak boleh terjadi (instalasi pada semua node dirancang untuk identik) . Sudah diperbaiki sekarang. " Ini berfungsi dengan baik sekarang dan tidak perlu mengatur PATH atau LD_LIBRARY_PATH.

Saya menulis skrip CSH yang menjalankan aplikasi Java yang disebut fiji-linux64. Saya telah berhasil mengeksekusi skrip CSH dalam node cluster yang didedikasikan untuk mengkompilasi kode, tetapi skrip yang sama gagal ketika diserahkan sebagai pekerjaan (qsub) ke cluster dan dikirim ke salah satu dari banyak node yang tersedia. Saya mendapatkan kesalahan berikut dalam file log:

Exception in thread "main" java.lang.UnsatisfiedLinkError: /netapp/home/username/bin/java/linux-amd64/jdk1.6.0_20/jre/lib/amd64/xawt/libmawt.so: libXtst.so.6: cannot open shared object file: No such file or directory        
    at java.lang.ClassLoader$NativeLibrary.load(Native Method)
    at java.lang.ClassLoader.loadLibrary0(ClassLoader.java:1803)
    at java.lang.ClassLoader.loadLibrary(ClassLoader.java:1699)
    at java.lang.Runtime.load0(Runtime.java:770)
    at java.lang.System.load(System.java:1003)
    at java.lang.ClassLoader$NativeLibrary.load(Native Method)
    at java.lang.ClassLoader.loadLibrary0(ClassLoader.java:1803)
    at java.lang.ClassLoader.loadLibrary(ClassLoader.java:1720)
    at java.lang.Runtime.loadLibrary0(Runtime.java:823)
    at java.lang.System.loadLibrary(System.java:1028)
    at sun.security.action.LoadLibraryAction.run(LoadLibraryAction.java:50)
    at java.security.AccessController.doPrivileged(Native Method)
    at sun.awt.NativeLibLoader.loadLibraries(NativeLibLoader.java:38)
    at sun.awt.DebugHelper.<clinit>(DebugHelper.java:29)
    at java.awt.Component.<clinit>(Component.java:560)
    at java.lang.Class.forName0(Native Method)
    at java.lang.Class.forName(Class.java:169)
    at fiji.Main.<clinit>(Main.java:272)

Saya kemudian berpikir bahwa saya mungkin perlu mengatur variabel lingkungan PATH dan LD_LIBRARY_PATH, jadi saya melakukan echo $ PATH dan echo $ LD_LIBRARY_PATH di komputer cluster yang berfungsi dan menambahkan path tersebut ke skrip csh I qsub, seperti yang ditunjukkan di bawah ini:

setenv LD_LIBRARY_PATH /opt/intel/mkl/10.0.1.014/lib/em64t:/opt/intel/fce/10.1.017/lib:/opt/intel/cce/10.1.017/lib

setenv PATH /ccpr1/sge6/bin/lx24-amd64:/usr/kerberos/bin:/opt/intel/fce/10.1.017/bin:/opt/intel/cce/10.1.017/bin:/usr/local/bin:/bin:/usr/bin:/netopt/bin:/netapp/home/username/bin

Namun, bahkan setelah mengatur variabel PATH dan LD_LIBRARY_PATH, saya masih mendapatkan kesalahan yang sama seperti di atas. Apakah ini masalah classpath? Atau apakah ada sesuatu yang harus diinstal pada node-node cluster lainnya?

sebastian
sumber
menemukan sesuatu di sini orafaq.com/forum/t/84411/2
Ahmet Alp Balkan