Bagaimana cara menginstal paket Rsubread, Edge R dan limma di R in Cygwin?

0

Saya baru mengenal Cygwin dan ingin menginstal tiga paket yang dipanggil Rsubread EdgeRdan limmadi Rdalam Cygwin. Saya mengetikkan Rkonsol Cygwin dan sekali di lingkungan R, lalu saya menginstal paket sebagai:

source("https://bioconductor.org/biocLite.R")

biocLite("Rsubread")

Tapi begitu saya selesai dengan instalasi, saya tidak bisa memuat paket menggunakan library ( Rsubread) dan memberi saya bahwa tidak ada paket yang dipanggil Rsubread.

Adakah yang tahu apa masalahnya?

Terima kasih banyak atas bantuannya

cygwin r hamid
sumber
kirim email ke tautan "cygwin (at) cygwin (dot) com" . Kemungkinan termasuk log instalasi dan ikuti pedoman tautan yang disarankan
matzeri

Jawaban:

0

berikut ini dari naskah naskah. Ini berfungsi di masa lalu, tetapi pembaruan terbaru dari Rsubread tampaknya menyebabkan masalah (lihat pertanyaan saya tentang biokonduktor ). Nah - jika Anda menggunakan versi yang tepat dari R / Bioconductor, itu seharusnya berfungsi. Dan saya berharap masalah saat ini akan diperbaiki di masa depan.

Unduh penginstal Cygwin dan mulai pengaturan. Buka dialog sampai Anda dapat memilih paket yang ingin Anda instal. Pilih paket-paket berikut sebagai tambahan untuk apa yang dipilih per default (untuk perpustakaan berakhir pada "-devel", periksa apakah versi tanpa "-devel" juga dipilih).

  • Arsip:
    • libbz2-devel: BZip file de / compressor
  • Devel:
    • gcc-core: Koleksi Pengumpul GNU (C, OpenMP)
    • gcc-g ++: Koleksi Kompilator GNU (C ++)
    • gcc-fortran: Koleksi Pengumpul GNU (Fortran)
    • make: Versi GNU dari utilitas 'make'
  • Libs:
    • libcurl-devel: perpustakaan transfer file multi-protokol (pengembangan)
    • libiconv-devel: implementasi Unicode iconv ()
    • libicu-devel: IBM Internationalisasi Komponen untuk Unicode
    • libintl-devel: Perpustakaan runtime internasionalisasi GNU
    • liblzma-devel: LZMA de / compressor library (pengembangan)
    • libpcre-devel: Perl pengembangan perpustakaan Regular Regular Expressions
    • libtirpc-devel: Port pustaka RPC Transport-Independent Sun
    • libxml2-devel: Perpustakaan XML GNOME (pengembangan)
    • zlib-devel: Gzip de / kompresi library (pengembangan)
  • Ilmu:
    • R: R Bahasa komputasi statistik

Setelah menyelesaikan instalasi Cygwin, mulai Cygwin, ketik "R" dan tekan enter untuk memulai konsol R. Setidaknya untuk penyelarasan bacaan singkat (yaitu penggunaan Rsubread), Anda perlu menggunakan konsol ini. Perhatikan bahwa paket yang diinstal di konsol Cygwin R tidak tersedia untuk pemasangan R asli lainnya (yaitu R yang dipasang dengan penginstal yang tersedia di cran.r-project.org ).

Dan well - ini harus jelas, untuk menginstal Rsubread di Cygwin-R:

source("THE BIOCONDUCTOR LINK - yes, I'm not allowed to post more than 2 links")
biocLite()
biocLite("Rsubread")

Dengan langkah-langkah di atas, paket ini juga berfungsi:

biocLite(c("SRAdb", "Rsamtools", "biomaRt", "DESeq2", "edgeR", "limma"))
MWS
sumber