Buku referensi untuk statistik dengan R - apakah ada dan apa yang harus dikandungnya?

Latar Belakang

Ada banyak diskusi tentang ini, jadi saya pikir saya bisa menemukan jawaban saya dari tapak sebelumnya di StackExchange dan dengan googling dengan marah. Setelah menggunakan setengah hari mencoba menemukan hanya satu buku referensi untuk statistik (bio) dengan R, saya benar-benar bingung dan harus menyerah. Mungkin gabungan materi gratis sebenarnya lebih baik daripada buku mana pun yang dapat Anda beli saat ini. Mari kita cari tahu.

Internet penuh dengan literatur gratis yang baik untuk bahasa R , jadi sebenarnya tidak ada gunanya membayar untuk buku biasa-biasa saja, yang akhirnya digunakan sebagai dekorasi kantor sebagian besar waktu. Situs web R mencantumkan buku yang terkait dengan R dan ada banyak di antaranya. Untuk lebih tepatnya: 115. Hanya satu di antaranya yang diiklankan dengan kata-kata " buku referensi statistik mandiri ". Sekarang berusia 8 tahun dan mungkin sudah ketinggalan zaman. Edisi keempat Statistik Terapan Modern dengan S bahkan lebih tua. R Book sering dianggap terlalu mendasar dan tidak direkomendasikan karena kurangnya referensi, kode yang diformat dengan buruk, dan penyelesaian yang ceroboh.

Namun, saya mencari satu buku , yang dapat saya gunakan sebagai referensi mandiri untuk statistik praktis (pertama dan terpenting) dengan R (sekunder). Buku itu harusnya hidup di meja kantor saya, mengumpulkan anotasi, noda kopi, dan sidik jari berminyak alih-alih debu di rak buku. Itu harus menggantikan koleksi pdf gratis yang telah saya gunakan sejauh ini, tidak lupa bahwa R hadir dengan pustaka referensi yang sangat baik. “ Apa pendekatan yang tepat? "," Mengapa? "dan" secara teknis, bagaimana cara kerjanya? "sering kali lebih banyak pertanyaan yang membakar daripada" bagaimana melakukannya dengan R? "

Karena saya seorang ahli ekologi, saya sangat tertarik dengan aplikasi biostatistik. Namun, karena hal-hal ini sering dihubungkan, referensi umum interdisipliner akan menjadi yang paling berharga bagi saya.

Tugas

Jika ada buku seperti itu (saya ragu), berikan nama buku (hanya satu per jawaban) dan ulasan singkat dari buku yang menjelaskan mengapa buku tersebut harus dinamai sebagai buku referensi untuk topik tersebut. Karena pertanyaan ini tidak jauh berbeda dari yang ada, silakan gunakan tapak ini untuk jawaban Anda. Anda juga dapat membuat daftar kekurangan buku sehingga kami dapat mencantumkannya sebagai fitur untuk buku referensi yang ideal.

Pertanyaan saya adalah apa yang seharusnya berisi buku referensi untuk statistik (dari jenis yang paling banyak digunakan) dengan R?

Beberapa pemikiran awal mengikuti fitur-fitur umum (tolong, perbarui):

• Setebal batu bata
• Ringkas, tapi bisa dimengerti
• Diisi dengan angka-angka (dengan kode R yang disediakan)
• Tabel dan diagram yang mudah dimengerti yang menjelaskan perincian terpenting dari teks
• Mudah dimengerti, teks deskriptif tentang statistik / metode yang berisi persamaan paling penting.
• Contoh bagus untuk setiap pendekatan (dengan kode R)
• Daftar referensi yang luas dan terbaru
• Jumlah kesalahan pengetikan minimal

Daftar Isi

Karena saya bukan ahli statistik dan perlu buku ini (tidak ada?) Untuk menjawab pertanyaan, sulit bagi saya untuk menulis tentang isinya. Karena The R Book jelas bermaksud menjadi buku referensi untuk statistik dengan R, tetapi sering dikritik, saya menyalin daftar isi dari buku tersebut sebagai titik awal untuk daftar isi untuk buku referensi statistik R standalone. Tugas tambahan: tolong, berikan tambahan, saran, penghapusan, dll untuk daftar isi.

1. Mulai
2. Essentials of the R Bahasa
3. Input Data
4. Kerangka data
5. Grafik
6. Tabel
7. Matematika
8. Tes Klasik
9. Pemodelan Statistik
10. Regresi
11. Analisis Varians
12. Analisis Kovarian
13. Model Linier Umum
14. Hitung Data
15. Hitung Data dalam Tabel
16. Data Proporsi
17. Variabel Respon Biner
18. Model Aditif Umum
19. Model Efek Campuran
20. Regresi Non-linear
21. Model Pohon
22. Analisis Rangkaian Waktu
23. Statistik Multivarian
24. Statistik spasial
25. Analisis Kelangsungan Hidup
26. Model Simulasi
27. Mengubah Tampilan Grafik
28. Referensi dan Bacaan Lebih Lanjut
29. Indeks

Apa yang telah dikatakan sebelumnya?

StackExhange berisi beberapa tapak yang meminta statistik dan saran buku R. Buku untuk belajar bahasa R menanyakan tentang buku referensi yang belajar bahasa R tanpa aspek statistik. Seni Pemrograman R diberi peringkat sebagai saran tunggal terbaik. Book to Learn Statistics menggunakan R meminta buku pengantar statistik ideal, yang sebenarnya tidak sama dengan buku referensi. Buku teks statistik Open Source memberi peringkat statistik Multivarian dengan R sebagai alternatif terbaik. Buku apa yang akan Anda rekomendasikan untuk ilmuwan non-statistik? bertanya tentang buku referensi statistik terbaik tanpa menentukan program pilihan.Referensi atau buku tentang simulasi data desain eksperimental dalam skor R mungkin paling dekat dengan pertanyaan saya. Pengantar Pemrograman Ilmiah dan Simulasi Menggunakan R adalah buku yang paling direkomendasikan di sini dan mungkin dekat dengan apa yang saya cari. Namun, buku ini tidak akan cukup sebagai buku referensi tunggal untuk statistik dengan R.

Beberapa saran untuk buku referensi dan kekurangannya

R in Action telah menerima ulasan yang lebih baik daripada The R Book, namun ini sepertinya agak perkenalan .

Desain dan analisis biostatistik menggunakan R: panduan praktis mungkin dekat dengan apa yang saya cari. Ini telah menerima ulasan yang baik , tetapi ternyata ini juga mengandung banyak kesalahan ketik. Selain itu, buku ini tidak berkonsentrasi pada menjelaskan statistik, tetapi lebih memberikan analisis statistik sebagai resep readymade untuk digunakan para peneliti.

Model dan Data Ekologis dalam R melewatkan tingkat pengantar. Ini adalah fitur yang sangat berguna melihat kata "pengantar", skor 43 kejadian dalam daftar buku R , tapi mungkin tidak sepenuhnya memuaskan, jika kita mencari buku referensi untuk statistik ...?

Pengantar Pemrograman Ilmiah dan Simulasi Menggunakan R menerima ulasan yang sangat positif , tetapi terbatas pada simulasi data.

Richiemorrisroe menyarankan bahwa Statistik Terapan Modern dengan S sudah cukup untuk buku referensi statistik mandiri dengan R. Buku ini telah menerima ulasan yang sangat baik ( 1 , 2 ) dan mungkin merupakan kandidat terbaik untuk judul pada saat ini? Versi terbaru keluar 10 tahun yang lalu, yang cukup lama mempertimbangkan pengembangan program.

Dimitriy V. Masterov menyarankan Analisis Data Menggunakan Regresi dan Model Bertingkat / Hirarki . Belum memeriksa buku ini.

Setelah membaca banyak ulasan buku, tampak jelas bahwa buku yang sempurna yang diminta di sini belum ada. Namun, mungkin saja untuk memilih yang cukup dekat. Tapak ini dimaksudkan sebagai wiki komunitas bagi pengguna statistik untuk menemukan buku referensi terbaik yang ada dan sebagai motivasi bagi penulis buku baru dan lama untuk meningkatkan pekerjaan mereka.

Saya pribadi berpikir bahwa Statistik Terapan Modern dengan S-Plus mencentang semua kotak yang telah Anda uraikan. Setiap contoh memiliki kode R, mereka memberikan referensi yang baik ke sumber lain, dan Venables dan Ripley memiliki gaya penulisan yang sangat singkat dan jelas yang sangat saya hargai. Saya cenderung membaca ulang buku itu begitu sering, dan setiap kali saya mendapat lebih banyak dari itu. Tentu saja, jarak tempuh Anda mungkin berbeda.

Terima kasih atas pertanyaan yang bagus, dan terutama menyusun semua informasi itu. Sayangnya, buku yang Anda gambarkan tidak ada, dan jujur ​​saja, buku itu tidak mungkin ada. Jika yang paling Anda inginkan adalah buku referensi untuk statistik, saya akan mulai dengan buku yang sangat bagus tentang model linier. Rekomendasi saya adalah Kutner et al, memenuhi kriteria lebih besar daripada batu bata baik dalam volume dan massa, sangat komprehensif, jelas, dan dengan banyak contoh. Bahkan, jika Anda menghilangkan persyaratan R, itu cukup banyak dari seluruh daftar Anda. Saya sering merujuknya kembali. Namun, dalam ~ 1500 halaman, itu hanya mencakup model linier - yaitu, regresi, dan ANOVA - ada beberapa bab singkat tentang beberapa topik lain, tetapi Anda benar-benar menginginkan buku-buku lain untuk itu. Berikutnya, saya akan mendapatkan buku referensi statistik terkemuka, pada tingkat yang sesuai untuk Anda, untuk teknik apa pun yang mungkin perlu Anda kerjakan (misalnya, analisis survival, analisis spasial, dll.). Jika buku-buku itu tidak menggunakan R untuk contoh mereka, Anda mungkin ingin mendapatkan buku yang spesifik R, seperti salah satu dari penggunaan-R! buku, tetapi di antara dokumentasi, sketsa, milis R-help, StackOverflow, dan CV, Anda mungkin tidak perlu melakukannya. Jika Anda ingin belajar memprogram dalam R dengan cara yang benar, Anda juga harus mendapatkan salah satu buku itu. Pada titik ini, Anda memiliki setidaknya 4 buku. Maaf, tapi memang begitu. Tidak seorang pun yang bekerja secara luas dengan statistik hanya memiliki satu buku yang mencakup semuanya.

Saya kira buku seperti ini tidak ada. Buku yang menurut saya paling dekat adalah Analisis Data Gelman dan Hill Menggunakan Regresi dan Model Multilevel / Hirarki .

Cons:

• Ini ~ 5 tua dan ditujukan untuk ilmuwan sosial.

• Tidak memiliki semua yang ada di daftar TOC Anda (tidak ada spasial, pada dasarnya tidak ada pada deret waktu, dll.)

Pro:

• Ditulis dengan baik

• Itu punya daftar errata dan TOC di tautan

• Ini mencakup hal-hal penting seperti data yang hilang, yang tidak ada dalam daftar bernomor Anda.

• Itu mengenai sebagian besar item di daftar peluru Anda.

• Banyak grafik dan kode R (beberapa kode Bug untuk multi-level).

• Semua data / kode tersedia untuk diunduh.

Saya bekerja melalui Elemen Pembelajaran Statistik . Buku ini mencakup berbagai teknik yang luar biasa (demikian juga 700+ halaman) tetapi setiap pendekatan dijelaskan dengan jelas dalam cara yang sangat praktis, bukan sangat teoretis. Itu tidak secara eksplisit mengandung apa pun tentang R, namun plot dan grafik dibuat dengan jelas dengan R dan ada paket pada CRAN untuk semua topik yang dibahas. Para penulis semuanya telah terlibat dengan pengembangan R (serta sejumlah teknik pembelajaran mesin modern).

Saya setuju dengan jawaban yang dipilih saat ini bahwa MASS4 sangat cocok dengan permintaan dan memiliki pengalaman yang sama dengan responden lain dengan kesulitan memenuhi persyaratan tingkat kecanggihan statistik yang cukup tinggi. MASS3 sebenarnya adalah "Buku Rbook" pertama saya dan cukup membantu saya dalam kapasitas itu. Saya memang membeli Crawley's "The R Book" dan merasa tidak memuaskan untuk deskripsi yang tidak akurat dari bahasa R dan menjadi sedikit lebih dari satu set contoh yang dikerjakan yang tampaknya kurang mendalam dari teori statistik.

Namun, dengan berlalunya waktu, saya telah menemukan Harrell "Regresi Modeling Strategies" (RMS) lebih cocok untuk fokus "biostatistik" dari pertanyaan ini serta memiliki kedalaman yang baik. Ini bukan teks pengantar tentang R. Untuk itu orang perlu mencari di tempat lain dan untuk itu saya merekomendasikan salah satu Pengantar Pemrograman Ilmiah dan Simulasi Menggunakan R [ http://www.crcpress.com/product/isbn/9781420068726] atau (meskipun namanya) "R for Dummies" ditulis oleh beberapa kontributor lama untuk tag posting R StackOverflow. Saya hanya memiliki RMS dalam edisi pertamanya ketika lebih berfokus pada S, tetapi sejak saat itu Harrell telah beralih ke R dan sepenuhnya mendukungrms/HmiscDuo paket R. Saya percaya ini memenuhi saran @ gung untuk cakupan khusus di beberapa domain yang terdaftar, meskipun tidak untuk analisis spasial atau model campuran.

Jika Anda ingin menerjemahkan ... (ini adalah buku pendamping dari 4.900 halaman buku teori):

Big R Book

Buku ini (yang saya penulis bersama) adalah kompilasi dari 15 tahun pengalaman konsultasi dan pengajaran di tingkat sarjana dan pascasarjana dan hanya menunjukkan contoh-contoh hal-hal R yang rincian matematika (bukti) diberikan dalam 4.900 halaman saya buku pendamping tempat perhitungan juga dilakukan secara manual dengan nilai numerik (+500 halaman yang akan tersedia di edisi berikutnya). Buku ini juga memberikan kemungkinan untuk memeriksa apakah perangkat lunak memberikan nilai yang benar dan itu jauh lebih menyenangkan daripada membuat perhitungan dengan tangan atau dalam MS Excel tentang mata pelajaran yang biasanya diajarkan di program pascasarjana di sekolah-sekolah Eropa. Tujuan buku ini juga untuk menunjukkan bahwa Anda dapat menggunakan 1 perangkat lunak alih-alih banyak untuk hasil yang sama tanpa biaya (alih-alih menggunakan JMP + Minitab + SPSS + SAS + MATLAB bersama-sama). Buku ini juga menunjukkan kelemahan R (pemeliharaan paket tidak dijamin). Ini juga merupakan ringkasan pertanyaan yang sangat berharga di berbagai forum dan blog R. Gratis dan berwarna!