Saya mencoba menentukan rumus untuk model efek campuran linier (dengan lme4
) untuk desain eksperimental saya, tetapi saya tidak yakin saya melakukannya dengan benar.
Desain: pada dasarnya saya mengukur parameter respons pada tanaman. Saya memiliki 4 tingkat perawatan, dan 2 tingkat irigasi. Tanaman dikelompokkan dalam 16 plot, dalam setiap plot saya sampel 4 sub-plot. Di setiap sub-plot saya mengambil antara 15 dan 30 pengamatan (tergantung pada jumlah tanaman yang ditemukan). Artinya, ada total 1500 baris.
Awalnya level subplot ada di sini hanya untuk keperluan pengambilan sampel, tetapi saya pikir saya ingin memperhitungkannya dalam model (sebagai variabel 64-level) karena saya melihat ada banyak variabilitas dari satu sub-plot ke sub-plot lainnya. , bahkan di dalam plot yang sama (lebih besar dari variabilitas antara seluruh plot).
Ide pertama saya adalah menulis:
library(lme4)
fit <- lmer(y ~ treatment*irrigation + (1|subplot/plot), data=mydata)
atau
fit <- lmer(y ~ treatment*irrigation + (1|subplot) + (1|plot), data=mydata)
Apakah itu benar? Saya tidak yakin apakah saya harus menyimpan kedua level plot / subplot dalam formula saya. Tidak ada efek tetap yang signifikan tetapi efek acak sangat signifikan.
sumber