buruh pelabuhan, alpine, dan matplotlib

11

Saat ini saya mencoba untuk mengecilkan salah satu gambar buruh pelabuhan kami menggunakan alpine:

FROM python:2.7-alpine

Namun, saya mengalami kesulitan menginstal pip matplotlib.h:

EOF
warning: no previously-included files matching '*.pyo' found anywhere in distribution
warning: no previously-included files matching '*.pyd' found anywhere in distribution
numpy/core/src/multiarray/numpyos.c:18:21: fatal error: xlocale.h: No such file or directory
compilation terminated.
numpy/core/src/multiarray/numpyos.c:18:21: fatal error: xlocale.h: No such file or directory
compilation terminated.
Traceback (most recent call last):
  File "<string>", line 1, in <module>
  File "/tmp/pip-build-kCID_8/matplotlib/setup.py", line 383, in <module>
    **extra_args
  File "/usr/local/lib/python2.7/distutils/core.py", line 111, in setup
    _setup_distribution = dist = klass(attrs)
  File "/usr/local/lib/python2.7/site-packages/setuptools/dist.py", line 269, in __init__
    self.fetch_build_eggs(attrs['setup_requires'])
  File "/usr/local/lib/python2.7/site-packages/setuptools/dist.py", line 313, in fetch_build_eggs
    replace_conflicting=True,
  File "/usr/local/lib/python2.7/site-packages/pkg_resources/__init__.py", line 826, in resolve
    dist = best[req.key] = env.best_match(req, ws, installer)
  File "/usr/local/lib/python2.7/site-packages/pkg_resources/__init__.py", line 1071, in best_match
    return self.obtain(req, installer)
  File "/usr/local/lib/python2.7/site-packages/pkg_resources/__init__.py", line 1083, in obtain
    return installer(requirement)
  File "/usr/local/lib/python2.7/site-packages/setuptools/dist.py", line 380, in fetch_build_egg
    return cmd.easy_install(req)
  File "/usr/local/lib/python2.7/site-packages/setuptools/command/easy_install.py", line 640, in easy_install
    return self.install_item(spec, dist.location, tmpdir, deps)
  File "/usr/local/lib/python2.7/site-packages/setuptools/command/easy_install.py", line 670, in install_item
    dists = self.install_eggs(spec, download, tmpdir)
  File "/usr/local/lib/python2.7/site-packages/setuptools/command/easy_install.py", line 850, in install_eggs
    return self.build_and_install(setup_script, setup_base)
  File "/usr/local/lib/python2.7/site-packages/setuptools/command/easy_install.py", line 1078, in build_and_install
    self.run_setup(setup_script, setup_base, args)
  File "/usr/local/lib/python2.7/site-packages/setuptools/command/easy_install.py", line 1066, in run_setup
    raise DistutilsError("Setup script exited with %s" % (v.args[0],))
distutils.errors.DistutilsError: Setup script exited with error: Command "gcc -fno-strict-aliasing -g -O2 -DNDEBUG -g -fwrapv -O3 -Wall -Wstrict-prototypes -fPIC -DHAVE_NPY_CONFIG_H=1 -D_FILE_OFFSET_BITS=64 -D_LARGEFILE_SOURCE=1 -D_LARGEFILE64_SOURCE=1 -DHAVE_CBLAS -Ibuild/src.linux-x86_64-2.7/numpy/core/src/private -Inumpy/core/include -Ibuild/src.linux-x86_64-2.7/numpy/core/include/numpy -Inumpy/core/src/private -Inumpy/core/src -Inumpy/core -Inumpy/core/src/npymath -Inumpy/core/src/multiarray -Inumpy/core/src/umath -Inumpy/core/src/npysort -I/usr/local/include/python2.7 -Ibuild/src.linux-x86_64-2.7/numpy/core/src/private -Ibuild/src.linux-x86_64-2.7/numpy/core/src/private -Ibuild/src.linux-x86_64-2.7/numpy/core/src/private -c numpy/core/src/multiarray/numpyos.c -o build/temp.linux-x86_64-2.7/numpy/core/src/multiarray/numpyos.o" failed with exit status 1

Saya menyadari ini mungkin karena musl.

Berikut adalah bit yang relevan dari saya Dockerfile:

# xmlsec is only available in the testing repo
RUN apk add --no-cache --virtual .build-deps \
  xmlsec \
  xmlsec-dev \
  py-numpy \
  py-numpy-dev \
  --repository http://dl-3.alpinelinux.org/alpine/edge/testing/ \
  --allow-untrusted

RUN apk add --no-cache --virtual .build-deps \
  build-base \
  postgresql-dev \
  libffi-dev \
  nodejs \
  swig \
  git \
  libpng-dev \
  freetype-dev \
  libxml2-dev \
  libxslt-dev \
  python-dev \
  musl-dev \
  tk-dev \
  gfortran \
  py-setuptools \
  netcat-openbsd

RUN pip install -r requirements.txt

Ini adalah requirement.txt saya:

setuptools==19.7
alabaster==0.7.4
amqp==1.4.6
anyjson==0.3.3
authy==2.1.2
awscli==1.9.12
Babel==1.3
backports.ssl-match-hostname==3.4.0.2
blessings==1.6
boto==2.9.9
certifi==2015.4.28
click==4.0
cryptography==1.0.1
Django==1.8.2
django-oauth-toolkit==0.8.1
django-appconf==1.0.1
django-compressor==1.5
django-cors-headers==1.1.0
django-coverage==1.2.4
django-crispy-forms==1.5.2
django-crontab==0.6.0
django-debug-panel==0.8.1
django-debug-toolbar==1.3.0
django-easy-pdf==0.1.0
django-email-extras==0.3.1
django-filter==0.10.0
django-forms-builder==0.11.1
django-libsass==0.3
django-markdown-deux==1.0.5
django-model-utils==2.2
django-nose==1.4
django-pgjson==0.3.1
django-phonenumber-field==0.7.2
django-pickling==0.1
django-ratelimit==0.6.0
django-redis==4.0.0
djangorestframework==3.3.1
djangorestframework-csv==1.3.4
django-rq==0.7.0
django-s3-cache==1.4.2
django-sphinx==2.2.4
django-storages==1.1.8
django-templatetag-handlebars==1.3.0
django-timedeltafield==0.7.10
django-twilio==0.8.0
docutils==0.12
ecdsa==0.11
extras==0.0.3
factory-boy==2.5.2
fake-factory==0.5.1
flex==4.3.0
functools32==3.2.3-1
gdata==2.0.18
gnureadline==6.3.3
greenlet==0.4.7
gunicorn==19.3.0
html5lib==0.999
httplib2==0.9.1
httpretty==0.8.10
inflection==0.3.1
ipdb==0.8
ipython==3.1.0
Jinja2==2.7.3
jsonschema==2.5.1
libsass==0.8.2
linecache2==1.0.0
lockfile==0.9.1
lxml==3.4.4
matplotlib==1.5.0
mimeparse==0.1.3
mistune==0.6
mock==1.3.0
newrelic==2.50.0.39
nose==1.3.6
nose-progressive==1.5.1
numpy==1.9.2
oauth2client==1.4.11
oauthlib==0.7.2
pandas==0.16.1
paramiko==1.15.2
pbr==1.0.1
pep8==1.6.2
phonenumbers==7.0.9
Pillow==2.8.1
pipdeptree==0.4.2
progressbar33==2.4
psycopg2==2.5.5
ptyprocess==0.5
pyasn1==0.1.7
pyasn1-modules==0.0.5
pycrypto==2.6.1
Pygments==2.0.2
PyJWT==1.3.0
pyOpenSSL==0.13
PyPDF2==1.24
python-daemon==1.6
python-dateutil==2.4.2
python-gnupg==0.3.7
python-logstash==0.4.6
python-memcached==1.54
python-mimeparse==0.1.4
python-openid==2.2.5
python-saml==2.1.3
python-social-auth==0.2.12
pytz==2015.4
PyYAML==3.11
pyzmq==14.6.0
raven==5.5.0
redis==2.10.3
reportlab==3.1.44
requests==2.7.0
requests-oauthlib==0.5.0
rq==0.5.2
rq-scheduler==0.5.1
rsa==3.1.4
simplejson==3.7.2
six==1.10.0
soaplib==2.0.0-beta2
sorl-thumbnail==12.2
Sphinx==1.3.1
sphinx-me==0.3
sqlparse==0.1.15
ssh==1.8.0
stripe==1.27.1
suds==0.4
terminado==0.5
testtools==1.8.0
traceback2==1.4.0
Unidecode==0.4.17
unittest2==1.0.1
uritemplate==0.6
vobject==0.6.6
Werkzeug==0.9.6
whitenoise==1.0.6
xhtml2pdf==0.0.6
django-absoluteuri==1.1.0

Apa yang harus saya lakukan untuk menginstalnya?

python docker synic
sumber

Jawaban:

13

Saya memecahkan masalah ini dengan menambahkan:

RUN ln -s /usr/include/locale.h /usr/include/xlocale.h

Semuanya bisa menginstal dengan benar. Tapi saya tidak yakin itu latihan yang bagus.

Céline Aussourd
sumber
Saya mengerti dari mana Anda berasal - tetapi saya merasa jauh lebih baik untuk dapat mengkodifikasikan ini di Dockerfile saya (dengan tautan yang sesuai kembali ke pos yang tepat ini dalam komentar). Docker, terlepas dari kritiknya, sebagian cukup mengesankan karena hal-hal seperti ini.
lol
Ini juga berlaku untuk Cygwin. Numpy hanya mencoba memuat xlocale.h jika tersedia dan untuk beberapa alasan ia berpikir itu tersedia di Cygwin dari semua tempat, tetapi ia tidak bergantung pada kemampuan khusus xlocale.h.
CMCDragonkai
Apa yang menyediakan /usr/include/locale.h? Saya menggunakan gambar alpine dan sudah menginstal make python gcc libffi-dev linux-headers libgcc libstdc++namun file yang diperlukan tidak ada untuk di tautkan di tempat pertama
MikeM
@ MichaelMügge Itulah musl-devpaketnya
Céline Aussourd
2

Anda mungkin perlu menggunakan gambar docker alpine Linux yang menggunakan glibcdan menggantinya musl-devdengan glibc-headers, karena file header yang hilang dibundel glibc-headers.

Semua hasil teratas di Docker Hub ketika Anda mencari glibcgambar docker alpine linux yang diaktifkan menggunakan sumber yang sama untuk glibcpaket APK.

Build itu tidak termasuk header, tetapi bisa di-tweak untuk melakukannya dengan memasukkan subpackage lain dengan file yang hilang, sesuatu di sepanjang baris (belum diuji):

headers() {
  mkdir -p "$subpkgdir"/usr/glibc-compat
  cp -a "$srcdir"/usr/glibc-compat/include "$subpkgdir"/usr/glibc-compat
}

dalam file APKBUILD .

Setelah meneliti ini, saya mempertanyakan manfaat memiliki header di wadah terakhir Anda. Menurut saya, akan jauh lebih bermanfaat untuk memiliki wadah perantara untuk membangun dependensi yang memerlukan header, jika memungkinkan, dan menginstal paket yang dihasilkan dalam wadah Anda.

dawud
sumber
Hrmm, ini tidak berhasil untuk saya. Saya mendapatkan kesalahan yang sama tentang xlocale.h. Saya melihat bahwa itu musl-devtetap diinstal , salah satu paket itu tampaknya memerlukannya. libc-devdiinstal juga, sejauh yang saya tahu.
synic
Bisakah Anda membagikan requirements.txt(atau bagian relevan yang memicu bangunan yang sebenarnya diperlukan matplotlib.h), untuk mereproduksi secara lokal?
dawud
Ok, saya menambahkannya ke OP
synic
Setelah melakukan sedikit riset, ini membutuhkan waktu yang tidak sepele untuk menyediakan solusi yang berfungsi, saya telah mencoba menjelaskan persyaratan dan mengapa file header tidak ada. Saya serahkan pada Anda untuk mengisi bagian yang kosong. Semoga bermanfaat.
dawud
2

Ketergantungan ini bekerja untuk saya: docker run -c 'apk update && apk add g++ make subversion gcc gfortran ca-certificates python3-dev libpng-dev freetype-dev python3; ln -s /usr/include/locale.h /usr/include/xlocale.h; python3 -m pip install matplotlib'

Ganti python3dengan pythonjika Anda ingin 2.7

(selain jawaban @ Celine)

Bryce Guinta
sumber