Tidak dapat menginstal paket R di Ubuntu 11.04 [ditutup]

130

Saya baru mengenal Linux dan R.

Saya menginstal R 2.12 di Ubuntu 11.04. Hari ini saya mencoba menginstal paket baru, jadi saya menjalankan perintah berikut:

install.packages('XML')

Tetapi instalasi gagal dan memberikan informasi berikut:

* installing *source* package ‘XML’ ...
checking for gcc... gcc
checking for C compiler default output file name... a.out
checking whether the C compiler works... yes
checking whether we are cross compiling... no
checking for suffix of executables... 
checking for suffix of object files... o
checking whether we are using the GNU C compiler... yes
checking whether gcc accepts -g... yes
checking for gcc option to accept ISO C89... none needed
checking how to run the C preprocessor... gcc -E
No ability to remove finalizers on externalptr objects in this verison of R
checking for sed... /bin/sed
checking for pkg-config... /usr/bin/pkg-config
checking for xml2-config... no
Cannot find xml2-config
ERROR: configuration failed for package ‘XML’
* removing ‘/home/spirit/R/i686-pc-linux-gnu-library/2.12/XML’

The downloaded packages are in
    ‘/tmp/RtmpoZYxnv/downloaded_packages’
Warning message:
In install.packages("XML") :
  installation of package 'XML' had non-zero exit status

Saya juga mencoba:

sudo install.packages('XML')

Tetapi memberikan informasi kesalahan yang sama.

Adakah yang bisa memberi saya saran?

xml r ubuntu installation Derrick Zhang
sumber

Pasang xml2-config?

Wayne Werner

Pertanyaan ini hanya membantu saya (lagi) di Ubuntu 14.04

geneorama

Saya tidak tahu pertanyaannya di luar topik atau tidak, tetapi jawaban di bawah juga memecahkan masalah saya dengan Ubuntu Trusty Tahr.

msoftrain

Haruskah ini dipindahkan ke tumpukan AskUbuntu? Ini adalah pertanyaan yang berkaitan dengan penggunaan R atau RStudio (meskipun mungkin terjadi dengan perangkat lunak lain?), Yang disebabkan oleh kurangnya paket perangkat lunak yang diperlukan di Ubuntu. Ini adalah pertanyaan yang cukup umum, tampaknya sesuai dengan daftar "Terkait" yang saya lihat di sebelah kanan. Dan bisa ditanyakan mengapa paket-paket ini hilang dari Ubuntu?

Rick Henderson

@rickHenderson Ini juga berguna untuk distro Linux lainnya.

Jawaban:

210

Metode install.packages

Anda perlu menginstal paket ubuntu libxml2-devJadi dalam tipe prompt shell:

sudo apt-get update
sudo apt-get install libxml2-dev

Anda akan membutuhkan sudokekuatan khusus untuk ini.

Metode paket Ubuntu

Seperti yang disebutkan Richie dan Dirk, Anda juga dapat menggunakan:

sudo apt-get install r-cran-xml

Jika Anda menyusuri jalan ini, saya sarankan Anda memeriksa halaman sumber R ubuntu yang akan memastikan Anda memiliki versi R saat ini dan paket R terkait. Ini bisa menjadi penting jika Anda menggunakan versi LTS dari ubuntu.

csgillespie
sumber

Bisakah Anda mencoba sinaptik? cari paket yang Anda butuhkan di sana

pacomet

r-cran-xml tidak cukup, harus melakukan libxml2-dev

Ferroao

Berbagi pengamatan saya untuk masalah serupa yang mungkin membantu pengguna MAC. Meskipun saya memiliki semua pustaka dependen saya masih mendapat kesalahan. Setelah banyak uji coba, inilah yang menyelamatkan saya - Saat menginstal melalui rstudio menggunakan install.packages (), Anda mendapatkan prompt yang menanyakan -Apakah Anda ingin menginstal dari sumber paket yang memerlukan kompilasi? y / n: Berikan tanggapan Anda di sini sebagai 'n'. Ini berhasil untuk saya.

antek

Dalam bentangan Debian hanya sudo apt-get install libxml2-devcukup untuk bekerja

Adriano Rivolli

Saya mendapatkan kesalahan ini: sudo apt-get install r-cran-xml

Suat Atan PhD

Jawaban oleh Colin benar dalam arti sempit, tetapi pada saat yang sama salah seperti yang Anda katakan

 sudo apt-get install r-cran-xml

sebagai XML adalah salah satu paket CRAN yang tersedia di Ubuntu. Jangan apt-cache search r-cran-*melihat yang lain.

Dirk Eddelbuettel
sumber