Kesalahan: tidak dapat menemukan fungsi ... di R

Ini dimaksudkan sebagai pertanyaan FAQ, jadi harap selengkap mungkin. Jawabannya adalah jawaban komunitas, jadi silakan mengedit jika Anda merasa ada yang kurang.

Pertanyaan ini dibahas dan disetujui berdasarkan meta.

Saya menggunakan R dan mencoba some.functiontetapi saya mendapat pesan kesalahan berikut:

Error: could not find function "some.function"

Pertanyaan ini muncul dengan sangat teratur. Ketika Anda mendapatkan jenis kesalahan ini di R, bagaimana Anda bisa menyelesaikannya?

Ada beberapa hal yang harus Anda periksa:

1. Apakah Anda menulis nama fungsi Anda dengan benar? Nama peka terhadap huruf besar-kecil.
2. Apakah Anda menginstal paket yang berisi fungsi? install.packages("thePackage")(ini hanya perlu dilakukan sekali)
3. Apakah Anda melampirkan paket itu ke ruang kerja? require(thePackage)atau library(thePackage)(ini harus dilakukan setiap kali Anda memulai sesi R baru)
4. Apakah Anda menggunakan versi R yang lebih lama di mana fungsi ini belum ada?

Jika Anda tidak yakin dalam paket mana fungsi itu berada, Anda bisa melakukan beberapa hal.

1. Jika Anda yakin telah menginstal dan melampirkan / memuat paket yang tepat, ketik help.search("some.function")atau ??some.functionuntuk mendapatkan kotak informasi yang dapat memberi tahu Anda paket mana yang berisi.
2. finddan getAnywherejuga dapat digunakan untuk mencari fungsi.
3. Jika Anda tidak memiliki petunjuk tentang paket, Anda dapat menggunakan findFndalam sospaket seperti yang dijelaskan dalam jawaban ini .
4. RSiteSearch("some.function")atau mencari dengan rdocumentation atau rseek adalah cara alternatif untuk menemukan fungsi.

Terkadang Anda perlu menggunakan versi R yang lebih lama, tetapi jalankan kode yang dibuat untuk versi yang lebih baru. Fungsi yang baru ditambahkan (mis. HasName di R 3.4.0) tidak akan ditemukan. Jika Anda menggunakan versi R yang lebih lama dan ingin menggunakan fungsi yang lebih baru, Anda dapat menggunakan paket backports untuk membuat fungsi tersebut tersedia. Anda juga menemukan daftar fungsi yang perlu di-backport di git repo dari backports . Perlu diingat bahwa versi R yang lebih lama dari R3.0.0 tidak kompatibel dengan paket yang dibuat untuk R3.0.0 dan versi yang lebih baru.

Masalah lain, di hadapan NAMESPACE, adalah bahwa Anda mencoba menjalankan fungsi yang tidak diekspor dari paket foo .

Misalnya (dibuat-buat, saya tahu, tetapi):

> mod <- prcomp(USArrests, scale = TRUE)
> plot.prcomp(mod)
Error: could not find function "plot.prcomp"

Pertama, Anda seharusnya tidak memanggil metode S3 secara langsung, tetapi mari kita asumsikan plot.prcompsebenarnya adalah beberapa fungsi internal yang berguna di paket foo . Untuk memanggil fungsi seperti itu jika Anda tahu apa yang Anda lakukan memerlukan penggunaan :::. Anda juga perlu mengetahui namespace tempat fungsi ditemukan. Menggunakan getAnywhere()kami menemukan bahwa fungsinya dalam statistik paket :

> getAnywhere(plot.prcomp)
A single object matching ‘plot.prcomp’ was found
It was found in the following places
  registered S3 method for plot from namespace stats
  namespace:stats
with value

function (x, main = deparse(substitute(x)), ...) 
screeplot.default(x, main = main, ...)
<environment: namespace:stats>

Jadi sekarang kita dapat memanggilnya langsung menggunakan:

> stats:::plot.prcomp(mod)

Saya telah menggunakan plot.prcomphanya sebagai contoh untuk menggambarkan tujuannya. Dalam penggunaan normal, Anda seharusnya tidak memanggil metode S3 seperti ini. Tetapi seperti yang saya katakan, jika fungsi yang ingin Anda panggil ada (mungkin fungsi utilitas tersembunyi misalnya), tetapi dalam a namespace, R akan melaporkan bahwa ia tidak dapat menemukan fungsi kecuali jika Anda memberi tahu namespace mana yang harus dicari. .

Bandingkan ini dengan yang berikut: stats::plot.prcomp Yang di atas gagal karena saat statsdigunakan plot.prcomp, itu tidak diekspor statssebagai kesalahan memberitahu kami:

Kesalahan: 'plot.prcomp' bukan objek yang diekspor dari 'namespace: stats'

Ini didokumentasikan sebagai berikut:

pkg :: name mengembalikan nilai nama variabel yang diekspor di namespace pkg, sedangkan pkg ::: name mengembalikan nilai nama variabel internal.

Saya biasanya dapat menyelesaikan masalah ini ketika komputer berada di bawah kendali saya, tetapi lebih merupakan gangguan ketika bekerja dengan grid. Ketika kotak tidak homogen, tidak semua pustaka dapat diinstal, dan pengalaman saya sering bahwa paket tidak diinstal karena ketergantungan tidak diinstal. Untuk mengatasi ini, saya memeriksa yang berikut:

1. Apakah Fortran diinstal? (Cari 'gfortran'.) Ini mempengaruhi beberapa paket utama dalam R.
2. Apakah Java diinstal? Apakah jalur kelas Java benar?
3. Periksa apakah paket itu diinstal oleh admin dan tersedia untuk digunakan oleh pengguna yang sesuai. Kadang-kadang pengguna akan menginstal paket di tempat yang salah atau berjalan tanpa akses yang sesuai ke perpustakaan yang tepat. .libPaths()adalah cek yang bagus.
4. Periksa lddhasil untuk R, untuk memastikan tentang perpustakaan bersama
5. Baik untuk menjalankan skrip secara berkala yang hanya memuat setiap paket yang diperlukan dan melakukan beberapa tes kecil. Ini menangkap masalah paket sedini mungkin dalam alur kerja. Ini mirip dengan membangun pengujian atau pengujian unit, kecuali itu lebih seperti tes asap untuk memastikan bahwa hal-hal yang sangat mendasar berfungsi.
6. Jika paket dapat disimpan di lokasi yang dapat diakses jaringan, bukan? Jika tidak, apakah ada cara untuk memastikan versi yang konsisten di seluruh mesin? (Ini mungkin tampak OT, tetapi instalasi paket yang benar mencakup ketersediaan versi yang tepat .)
7. Apakah paket tersedia untuk OS yang diberikan? Sayangnya, tidak semua paket tersedia di seluruh platform. Ini kembali ke langkah 5. Jika memungkinkan, cobalah untuk menemukan cara untuk menangani OS yang berbeda dengan beralih ke rasa paket yang sesuai atau mematikan ketergantungan dalam kasus-kasus tertentu.

Setelah mengalami ini cukup sedikit, beberapa langkah ini menjadi cukup rutin. Meskipun # 7 mungkin tampak seperti titik awal yang baik, ini terdaftar dalam urutan frekuensi yang saya gunakan.

Jika ini terjadi saat Anda memeriksa paket Anda (pemeriksaan R CMD), lihat NAMESPACE Anda.

Anda dapat menyelesaikan ini dengan menambahkan pernyataan berikut ke NAMESPACE:

exportPattern("^[^\\\\.]")

Ini mengekspor semua yang tidak dimulai dengan titik ("."). Ini memungkinkan Anda untuk memiliki fungsi tersembunyi, dimulai dengan titik:

.myHiddenFunction <- function(x) cat("my hidden function")

Saya punya kesalahan

Kesalahan: tidak dapat menemukan fungsi some.function

terjadi ketika melakukan pemeriksaan R CMD dari paket yang saya buat dengan RStudio. Saya menemukan menambahkan

exportPattern (".")

ke file NAMESPACE melakukan trik. Sebagai sidenote, saya awalnya mengkonfigurasi RStudio untuk menggunakan ROxygen untuk membuat dokumentasi - dan memilih konfigurasi tempat ROxygen akan menulis file NAMESPACE saya untuk saya, yang terus menghapus suntingan saya. Jadi, dalam contoh saya, saya menghapus centang NAMESPACE dari konfigurasi Roxygen dan menambahkan exportPattern (".") Ke NAMESPACE untuk menyelesaikan kesalahan ini.

Kesalahan ini dapat terjadi bahkan jika nama fungsi valid jika beberapa argumen wajib hilang (yaitu Anda tidak memberikan cukup argumen).
Saya mendapatkan ini dalam konteks Rcpp, di mana saya menulis fungsi C ++ dengan argumen opsional, dan tidak memberikan argumen tersebut dalam R. Tampaknya argumen opsional dari C ++ dianggap wajib oleh R. Sebagai akibatnya, R tidak dapat menemukan fungsi yang cocok untuk nama yang benar tetapi jumlah argumen yang salah.

Fungsi Rcpp: SEXP RcppFunction(arg1, arg2=0) {}
Panggilan R:
RcppFunction(0)memunculkan kesalahan
RcppFunction(0, 0)tidak

Rdocumentation.org memiliki fungsi pencarian yang sangat berguna yang - antara lain - memungkinkan Anda menemukan fungsi - dari semua paket di CRAN, serta dari paket dari Bioconductor dan GitHub.

Jika Anda menggunakan parallelMapAnda harus mengekspor fungsi khusus ke pekerjaan slave, jika tidak Anda mendapatkan kesalahan "tidak dapat menemukan fungsi".

Jika Anda menetapkan level yang tidak hilang pada parallelStartargumen yang sama harus diteruskan parallelExport, jika tidak, Anda mendapatkan kesalahan yang sama. Jadi ini harus diikuti secara ketat:

parallelStart(mode = "<your mode here>", N, level = "<task.level>")
parallelExport("<myfun>", level = "<task.level>")

Anda mungkin dapat memperbaiki kesalahan ini dengan spasi nama :: panggilan fungsi

comparison.cloud(colors = c("red", "green"), max.words = 100)

untuk

wordcloud::comparison.cloud(colors = c("red", "green"), max.words = 100)

Saya mendapat kesalahan yang sama, saya menjalankan versi .99xxx, saya memeriksa pembaruan dari menu bantuan dan memperbarui RStudio saya ke 1.0x, kemudian kesalahan tidak datang

Solusi yang sangat sederhana, cukup perbarui R Studio Anda