Apakah ada fungsi pustaka untuk Root mean square error (RMSE) di python?

Saya tahu saya bisa mengimplementasikan fungsi root mean squared error seperti ini:

def rmse(predictions, targets):
    return np.sqrt(((predictions - targets) ** 2).mean())

Apa yang saya cari jika fungsi rmse ini diimplementasikan di perpustakaan di suatu tempat, mungkin di scipy atau scikit-learn?

sklearn.metricsmemiliki mean_squared_errorfungsi. RMSE hanyalah akar kuadrat dari apa pun yang dikembalikan.

from sklearn.metrics import mean_squared_error
from math import sqrt

rms = sqrt(mean_squared_error(y_actual, y_predicted))

Apa itu RMSE? Juga dikenal sebagai MSE, RMD, atau RMS. Masalah apa yang dipecahkannya?

Jika Anda memahami RMSE: (Root mean squared error), MSE: (Mean Squared Error) RMD (Root mean squared deviation) dan RMS: (Root Mean Squared), lalu meminta perpustakaan untuk menghitung ini untuk Anda tidak perlu dilakukan rekayasa berlebihan. . Semua metrik ini adalah satu baris kode python paling panjang 2 inci. Tiga metrik rmse, mse, rmd, dan rms pada intinya secara konseptual identik.

RMSE menjawab pertanyaan: "Seberapa mirip, rata - rata angka dalam list1 untuklist2 ?". Kedua daftar harus berukuran sama. Saya ingin "menghilangkan kebisingan di antara dua elemen yang diberikan, menghapus ukuran data yang dikumpulkan, dan mendapatkan satu nomor merasakan perubahan dari waktu ke waktu".

Intuisi dan ELI5 untuk RMSE:

Bayangkan Anda sedang belajar melempar anak panah ke papan panah. Setiap hari Anda berlatih selama satu jam. Anda ingin mengetahui apakah Anda menjadi lebih baik atau semakin buruk. Jadi setiap hari Anda membuat 10 lemparan dan mengukur jarak antara bullseye dan di mana panah Anda mengenai.

Anda membuat daftar angka-angka itu list1. Gunakan akar kuadrat kesalahan antara jarak pada hari 1 dan alist2 berisi semua nol. Lakukan hal yang sama pada hari ke-2 dan ke-n. Apa yang akan Anda dapatkan adalah nomor tunggal yang semoga berkurang seiring waktu. Ketika nomor RMSE Anda nol, Anda menekan bullsey setiap waktu. Jika nomor rmse naik, Anda semakin buruk.

Contoh dalam menghitung root mean squared error dalam python:

import numpy as np
d = [0.000, 0.166, 0.333]   #ideal target distances, these can be all zeros.
p = [0.000, 0.254, 0.998]   #your performance goes here

print("d is: " + str(["%.8f" % elem for elem in d]))
print("p is: " + str(["%.8f" % elem for elem in p]))

def rmse(predictions, targets):
    return np.sqrt(((predictions - targets) ** 2).mean())

rmse_val = rmse(np.array(d), np.array(p))
print("rms error is: " + str(rmse_val))

Yang mencetak:

d is: ['0.00000000', '0.16600000', '0.33300000']
p is: ['0.00000000', '0.25400000', '0.99800000']
rms error between lists d and p is: 0.387284994115

Notasi matematika:

Glyph Legend: n adalah bilangan bulat positif yang mewakili jumlah lemparan. imewakili penghitung bilangan bulat positif yang menghitung jumlah. dsingkatan jarak ideal, yang list2berisi semua nol dalam contoh di atas. psingkatan kinerja, list1dalam contoh di atas. superscript 2 adalah singkatan dari numeric squared. d _i adalah indeks ke - i dari d. p _i adalah indeks ke-i dari p.

Rmse dilakukan dalam langkah-langkah kecil sehingga dapat dipahami:

def rmse(predictions, targets):

    differences = predictions - targets                       #the DIFFERENCEs.

    differences_squared = differences ** 2                    #the SQUAREs of ^

    mean_of_differences_squared = differences_squared.mean()  #the MEAN of ^

    rmse_val = np.sqrt(mean_of_differences_squared)           #ROOT of ^

    return rmse_val                                           #get the ^

Bagaimana cara setiap langkah RMSE bekerja:

Mengurangi satu nomor dari yang lain memberi Anda jarak di antara mereka.

8 - 5 = 3         #absolute distance between 8 and 5 is +3
-20 - 10 = -30    #absolute distance between -20 and 10 is +30

Jika Anda mengalikan angka berapa pun dengan sendirinya, hasilnya selalu positif karena kali negatif negatif adalah positif:

3*3     = 9   = positive
-30*-30 = 900 = positive

Tambahkan semuanya, tapi tunggu, maka array dengan banyak elemen akan memiliki kesalahan lebih besar dari array kecil, jadi rata-rata mereka dengan jumlah elemen.

Tapi tunggu, kami mengkuadratkan mereka semua sebelumnya untuk memaksa mereka positif. Batalkan kerusakan dengan akar kuadrat!

Itu membuat Anda dengan angka tunggal yang mewakili, rata-rata, jarak antara setiap nilai list1 ke nilai elemen yang sesuai dari list2.

Jika nilai RMSE turun dari waktu ke waktu kami senang karena varians menurun.

RMSE bukan strategi pemasangan garis paling akurat, total kuadrat terkecil adalah:

Root mean squared error mengukur jarak vertikal antara titik dan garis, jadi jika data Anda berbentuk seperti pisang, rata di dekat bagian bawah dan curam di dekat bagian atas, maka RMSE akan melaporkan jarak yang lebih jauh ke titik tinggi, tetapi jarak pendek ke poin rendah padahal sebenarnya jaraknya setara. Ini menyebabkan kemiringan di mana garis lebih suka lebih dekat ke titik tinggi daripada rendah.

Jika ini merupakan masalah, metode kuadrat terkecil total memperbaiki ini: https://mubaris.com/posts/linear-regress

Gotchas yang dapat merusak fungsi RMSE ini:

Jika ada nulls atau infinity di salah satu daftar input, maka nilai output rmse tidak masuk akal. Ada tiga strategi untuk menangani nulls / missing values ​​/ infinities di kedua daftar: Abaikan komponen itu, nolkan atau tambahkan tebakan terbaik atau suara acak seragam ke semua langkah waktu. Setiap obat memiliki pro dan kontra tergantung pada apa artinya data Anda. Secara umum mengabaikan komponen apa pun dengan nilai yang hilang lebih disukai, tetapi ini bias RMSE ke nol membuat Anda berpikir kinerja telah meningkat ketika sebenarnya tidak. Menambahkan noise acak pada tebakan terbaik bisa lebih disukai jika ada banyak nilai yang hilang.

Untuk menjamin kebenaran relatif dari output RMSE, Anda harus menghilangkan semua nulls / infinites dari input.

RMSE tidak memiliki toleransi terhadap titik data outlier yang tidak termasuk

Root kuadrat kotak kuadrat bergantung pada semua data yang benar dan semua dihitung sama. Itu berarti satu titik tersesat yang jalan keluar di bidang kiri akan benar-benar merusak seluruh perhitungan. Untuk menangani poin data outlier dan mengabaikan pengaruhnya yang luar biasa setelah ambang tertentu, lihat Pengukur kuat yang membangun ambang untuk pemberhentian outlier.

Ini mungkin lebih cepat ?:

n = len(predictions)
rmse = np.linalg.norm(predictions - targets) / np.sqrt(n)

Di scikit-learn 0.22.0 Anda bisa melewati mean_squared_error()argumen squared=Falseuntuk mengembalikan RMSE.

from sklearn.metrics import mean_squared_error

mean_squared_error(y_actual, y_predicted, squared=False)

Untuk berjaga-jaga seandainya seseorang menemukan utas ini pada 2019, ada perpustakaan bernama ml_metricsyang tersedia tanpa pra-instalasi di kernel Kaggle, cukup ringan dan mudah diakses pypi(dapat diinstal dengan mudah dan cepat dengan pip install ml_metrics):

from ml_metrics import rmse
rmse(actual=[0, 1, 2], predicted=[1, 10, 5])
# 5.507570547286102

Ini memiliki beberapa metrik menarik lainnya yang tidak tersedia di sklearn, misalnya mapk.

Referensi:

• https://pypi.org/project/ml_metrics/
• https://github.com/benhamner/Metrics/tree/master/Python

Sebenarnya, saya memang menulis banyak dari mereka sebagai fungsi utilitas untuk statsmodels

http://statsmodels.sourceforge.net/devel/tools.html#measure-for-fit-performance-eval-measures

dan http://statsmodels.sourceforge.net/devel/generated/statsmodels.tools.eval_measures.rmse.html#statsmodels.tools.eval_measures.rmse

Sebagian besar satu atau dua liner dan tidak banyak memeriksa input, dan terutama dimaksudkan untuk dengan mudah mendapatkan beberapa statistik ketika membandingkan array. Tetapi mereka memiliki unit test untuk argumen sumbu, karena di situlah saya kadang-kadang membuat kesalahan ceroboh.

Atau hanya dengan menggunakan fungsi NumPy saja:

def rmse(y, y_pred):
    return np.sqrt(np.mean(np.square(y - y_pred)))

Dimana:

• y adalah target saya
• y_pred adalah prediksi saya

Perhatikan bahwa rmse(y, y_pred)==rmse(y_pred, y)karena fungsi kuadrat.

Anda tidak dapat menemukan fungsi RMSE secara langsung di SKLearn. Tapi, alih-alih melakukan sqrt secara manual, ada cara standar lain menggunakan sklearn. Rupanya, mean_squared_error Sklearn itu sendiri berisi parameter yang disebut sebagai "kuadrat" dengan nilai default sebagai true. Jika kita setel ke false, fungsi yang sama akan mengembalikan RMSE alih-alih MSE.

# code changes implemented by Esha Prakash
from sklearn.metrics import mean_squared_error
rmse = mean_squared_error(y_true, y_pred , squared=False)

Berikut adalah contoh kode yang menghitung RMSE antara dua format file poligon PLY. Ini menggunakan ml_metricslib dan np.linalg.norm:

import sys
import SimpleITK as sitk
from pyntcloud import PyntCloud as pc
import numpy as np
from ml_metrics import rmse

if len(sys.argv) < 3 or sys.argv[1] == "-h" or sys.argv[1] == "--help":
    print("Usage: compute-rmse.py <input1.ply> <input2.ply>")
    sys.exit(1)

def verify_rmse(a, b):
    n = len(a)
    return np.linalg.norm(np.array(b) - np.array(a)) / np.sqrt(n)

def compare(a, b):
    m = pc.from_file(a).points
    n = pc.from_file(b).points
    m = [ tuple(m.x), tuple(m.y), tuple(m.z) ]; m = m[0]
    n = [ tuple(n.x), tuple(n.y), tuple(n.z) ]; n = n[0]
    v1, v2 = verify_rmse(m, n), rmse(m,n)
    print(v1, v2)

compare(sys.argv[1], sys.argv[2])

1. Tidak, ada perpustakaan Scikit Learn untuk pembelajaran mesin dan dapat dengan mudah digunakan dengan menggunakan bahasa Python. Ini memiliki fungsi untuk Mean Squared Error yang saya bagikan tautan di bawah:

https://scikit-learn.org/stable/modules/generated/sklearn.metrics.mean_squared_error.html

2. Fungsi ini bernama mean_squared_error seperti yang diberikan di bawah ini, di mana y_true akan menjadi nilai kelas nyata untuk data tuple dan y_pred akan menjadi nilai yang diprediksi, diprediksi oleh algoritma pembelajaran mesin yang Anda gunakan:

mean_squared_error (y_true, y_pred)

3. Anda harus memodifikasinya untuk mendapatkan RMSE (dengan menggunakan fungsi sqrt menggunakan Python). Proses ini dijelaskan dalam tautan ini: https://www.codeastar.com/regress-model-rmsd/

Jadi, kode akhir akan menjadi seperti:

dari impor sklearn.metrics mean_squared_error dari impor matematika sqrt

RMSD = sqrt (mean_squared_error (testing_y, prediksi))

cetak (RMSD)