Bagaimana cara mengetahui versi paket mana yang dimuat dalam R?

Saya sedang dalam proses mencari tahu bagaimana menggunakan cluster universitas saya. Ini memiliki 2 versi R yang diinstal. Sistem lebar R 2.11 (Debian 6.0) dan R 2.14.2 di lokasi non-standar.

Saya mencoba menggunakan MPI bersama salju. Kode yang saya coba jalankan adalah sebagai berikut

library(snow)
library(Rmpi)
cl <- makeMPIcluster(mpi.universe.size()-1)
stopCluster(cl)
mpi.quit()

Ia bekerja tanpa masalah di R 2.11. (Saya meluncurkan skrip dengan mpirun -H localhost,n1,n2,n3,n4 -n 1 R --slave -f code.R). Sekarang ketika saya mencoba melakukannya dengan R 2.14.2, saya mendapatkan pesan berikut:

Error: This is R 2.11.1, package 'snow' needs >= 2.12.1
In addition: Warning message:

Jadi sepertinya R memuat versi paket salju yang dikompilasi untuk R 2.11. Saya telah menginstal salju di bawah R 2.14 ke folder rumah saya dan saya menambahkan baris berikut ke kode saya:

.libPaths("/soft/R/lib/R/library")
.libPaths("~/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/2.11")
print(.libPaths())
print(sessionInfo())
print(version)

Dan output sebelum kesalahan mengkonfirmasi bahwa saya memang menjalankan R 2.14.2 dan folder paket R saya adalah yang pertama di jalur pencarian. Tapi saya masih mendapatkan kesalahan.

Jadi pertanyaan saya adalah bagaimana cara menentukan versi paket mana yang dimuat dalam R? Saya dapat melihat dengan installed.packagessemua paket yang diinstal, jadi mungkin ada beberapa fungsi yang mencantumkan informasi serupa untuk paket yang dimuat?

Anda dapat menggunakannya sessionInfo()untuk mencapai itu.

> sessionInfo()
R version 2.15.0 (2012-03-30)
Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)

locale:
 [1] LC_CTYPE=en_US.UTF-8       LC_NUMERIC=C               LC_TIME=en_US.UTF-8        LC_COLLATE=en_US.UTF-8    
 [5] LC_MONETARY=en_US.UTF-8    LC_MESSAGES=en_US.UTF-8    LC_PAPER=C                 LC_NAME=C                 
 [9] LC_ADDRESS=C               LC_TELEPHONE=C             LC_MEASUREMENT=en_US.UTF-8 LC_IDENTIFICATION=C       

attached base packages:
[1] graphics  grDevices utils     datasets  stats     grid      methods   base     

other attached packages:
[1] ggplot2_0.9.0  reshape2_1.2.1 plyr_1.7.1    

loaded via a namespace (and not attached):
 [1] colorspace_1.1-1   dichromat_1.2-4    digest_0.5.2       MASS_7.3-18        memoise_0.1        munsell_0.3       
 [7] proto_0.3-9.2      RColorBrewer_1.0-5 scales_0.2.0       stringr_0.6       
> 

Namun, sesuai komentar dan jawabannya di bawah, ada opsi yang lebih baik

> packageVersion("snow")

[1] '0.3.9'

Atau:

"Rmpi" %in% loadedNamespaces()

Anda dapat menggunakan packageVersionuntuk melihat versi paket apa yang dimuat

> packageVersion("snow")
[1] ‘0.3.9’

Walaupun sepertinya Anda ingin melihat versi R yang Anda jalankan, dalam hal ini sessionInfosaran @ Justin adalah cara untuk melakukannya

Untuk memeriksa versi R, jalankan: R --version

Atau setelah Anda berada di shell R cetak isi version$version.string

EDIT

Untuk memeriksa versi paket yang diinstal lakukan hal berikut.

Setelah memuat perpustakaan, Anda dapat menjalankan sessionInfo ()

Tetapi untuk mengetahui daftar semua paket yang diinstal:

packinfo <- installed.packages(fields = c("Package", "Version"))
packinfo[,c("Package", "Version")]

ATAU untuk mengekstrak versi pustaka tertentu, setelah Anda mengekstraksi informasi menggunakan installed.packagefungsi seperti di atas, cukup gunakan nama paket di dimensi pertama dari matriks.

packinfo["RANN",c("Package", "Version")]
packinfo["graphics",c("Package", "Version")]

Di atas akan mencetak versi perpustakaan RANN dan perpustakaan grafik.

Secara teknis, semua jawaban saat ini salah. packageVersiontidak mengembalikan versi paket yang dimuat. Ia pergi ke disk, dan mengambil versi paket dari sana.

Ini tidak akan membuat perbedaan dalam kebanyakan kasus, tetapi kadang-kadang itu membuat perbedaan. Sejauh yang saya tahu, satu-satunya cara untuk mendapatkan versi dari paket yang dimuat adalah cara yang agak meretas:

asNamespace(pkg)$`.__NAMESPACE__.`$spec[["version"]]

dimana pkgnama paketnya

EDIT: Saya tidak yakin kapan fungsi ini ditambahkan, tetapi Anda juga dapat menggunakan getNamespaceVersion, ini lebih bersih:

getNamespaceVersion(pkg)

Anda dapat mencoba sesuatu seperti ini:

1. package_version(R.version)

2. getRversion()

Solusi GUI:

Jika Anda menggunakan RStudio maka Anda dapat memeriksa versi paket di Packagespanel.

Gunakan metode R packageDescriptionuntuk mendapatkan deskripsi paket yang diinstal dan untuk versi cukup gunakan $Versionsebagai:

packageDescription("AppliedPredictiveModeling")$Version
[1] "1.1-6"

Berdasarkan jawaban sebelumnya, berikut adalah cara sederhana untuk mencetak versi R, diikuti dengan nama dan versi setiap paket yang dimuat di namespace. Ini bekerja di notebook Jupyter, di mana saya mengalami kesulitan menjalankan sessionInfo()dan R --version.

print(paste("R", getRversion()))
print("-------------")
for (package_name in sort(loadedNamespaces())) {
    print(paste(package_name, packageVersion(package_name)))
}

Di luar:

[1] "R 3.2.2"
[1] "-------------"
[1] "AnnotationDbi 1.32.2"
[1] "Biobase 2.30.0"
[1] "BiocGenerics 0.16.1"
[1] "BiocParallel 1.4.3"
[1] "DBI 0.3.1"
[1] "DESeq2 1.10.0"
[1] "Formula 1.2.1"
[1] "GenomeInfoDb 1.6.1"
[1] "GenomicRanges 1.22.3"
[1] "Hmisc 3.17.0"
[1] "IRanges 2.4.6"
[1] "IRdisplay 0.3"
[1] "IRkernel 0.5"

Pertanyaan lama, tetapi tidak ada di antara jawabannya adalah perintah favorit saya untuk mendapatkan ikhtisar singkat dan singkat dari semua paket yang dimuat:

(.packages())

Untuk melihat versi mana yang diinstal dari semua paket yang dimuat, cukup gunakan perintah di atas untuk subset installed.packages().

installed.packages()[(.packages()),3]

Dengan mengubah nomor kolom (3 untuk versi paket) Anda bisa mendapatkan informasi lain yang tersimpan dalam installed.packages()matriks yang mudah dibaca. Di bawah ini adalah contoh untuk nomor versi dan ketergantungan:

installed.packages()[(.packages()),c(3,5)]

Gunakan kode berikut untuk mendapatkan versi paket R yang terinstal di sistem:

installed.packages(fields = c ("Package", "Version"))

Cukup gunakan help(package="my_package") dan lihat versi yang ditampilkan.

Ini mengasumsikan tidak ada versi paket lain yang sama .libPaths.

Cari () dapat memberikan daftar paket terlampir yang lebih disederhanakan dalam suatu sesi (yaitu, tanpa info rinci yang diberikan oleh sessionInfo ())

search {base} - R
Deskripsi Dokumentasi : Memberikan daftar paket terlampir. Cari()

search()
#[1] ".GlobalEnv"        "package:Rfacebook" "package:httpuv"   
#"package:rjson"    
#[5] "package:httr"      "package:bindrcpp"  "package:forcats"   # 
#"package:stringr"  
#[9] "package:dplyr"     "package:purrr"     "package:readr"     
#"package:tidyr"    
#[13] "package:tibble"    "package:ggplot2"   "package:tidyverse" 
#"tools:rstudio"    
#[17] "package:stats"     "package:graphics"  "package:grDevices" 
#"package:utils"    
#[21] "package:datasets"  "package:methods"   "Autoloads"         
#"package:base"