Perangkat lunak mana yang digunakan oleh jurnal ilmiah untuk menghasilkan plot?

Saya tahu dari jurnal tingkat tinggi seperti Nature bahwa mereka mendesain ulang angka yang mereka dapatkan dari penulis. Plot ini terlihat sangat profesional, tetapi terlalu rumit untuk dilakukan dengan Adobe Illustrator et al.

Alat apa yang digunakan oleh penerbit untuk menghasilkan angka berkualitas tinggi?

Tidak dapat berbicara untuk Alam tetapi di sini ada beberapa alur kerja yang saya sadari:

• Buat kembali grafik menggunakan alat grafik Illustrator . Kerja keras, dan membuat frustrasi karena Adobe belum memperbarui alat bagan sejak zaman perunggu, tetapi bukan investasi yang buruk pada waktunya jika banyak bagan yang sangat mirip diperlukan berdasarkan gaya yang serupa. Itu mampu lebih dari yang terlihat.
• Gunakan Illustrator untuk mendesain bagan yang disisipkan dari Excel atau apa pun yang digunakan para peneliti - sebagian besar paket statistik dapat diekspor sebagai .epsatau .svg- lalu gaya vektor dan ubah teks agar sesuai dengan gaya rumah. (waspadalah bahwa menghapus topeng kliping yang datang dengan bagan Excel terkadang membuat garis dan titik data sedikit bergerak).
• Lacak bagan - plonk sebagai gambar dan gambar ulang di atas garis, kemudian gaya di Illustrator. Saya tidak pernah perlu melakukan ini, tetapi saya pernah mendengar itu adalah kejahatan umum yang diperlukan dalam penerbitan akademis.
• Gunakan alat bagan / tata letak berbasis kode seperti LaTeX atau R dengan plugin ggplot2 . Saya tidak tahu banyak tentang pendekatan ini tetapi populer dengan orang-orang analitis dan tidak berpikiran visual, mampu memberikan hasil yang terlihat profesional jika Anda sabar, dan hasilnya sangat konsisten karena menyiapkan template berbasis kode. Inilah artikel dengan beberapa contoh menggunakan pendekatan ini - Gaya bagan R Anda seperti Economist, Tableau ... atau XKCD
• Buat kode bagan berbasis web dalam sesuatu seperti D3, lalu ekstrak keluaran SVG dari peramban web, lalu buka ini di Illustrator dan selesaikan untuk dicetak di sana. The New York Times kadang-kadang melakukan ini, saya membahas ini dan cara mendapatkan warna CMYK yang tepat dalam pertanyaan lain ini .
• Gunakan alat bagan / visualisasi khusus . Opsi yang populer adalah Tableau yang dapat menghasilkan grafik yang terlihat sangat profesional plus beberapa data yang cukup canggih. Itu mahal, meskipun, kecuali semua data Anda tersedia secara bebas untuk umum dalam hal ini Anda dapat menggunakan Tableau Publik yang gratis. Cukup banyak publikasi ilmiah menggunakan Tableau (tidak bisa memikirkan nama-nama bagian atas kepala saya). WEAVE adalah alternatif open source tetapi tidak sedekat cantik (tidak yakin apa yang dihasilkan juga, tetapi jika itu SVG maka Illustrator dapat mengeditnya), sedikit lagi tentang hal semacam itu di sini .

Matlab dan Mathematica adalah alat analisis yang umum digunakan, yang menghasilkan plot 2D dan 3D.

Berikut adalah beberapa diskusi , menunjukkan bahwa alat-alat ini memang merupakan duopoli .

Tidak terlalu rumit untuk dilakukan di Adobe Illustrator (meskipun dapat mencoba --- saya menemukan menggunakan FreeHand jauh lebih cepat dan lebih efisien --- elegan).

Seseorang dapat menggunakan alat-alat seperti Asymptote, Tikz, METAPOST, & c., Atau mereka dapat dibuat menggunakan MatLab atau alat aljabar / grafik komputer lainnya.

Saya adalah bagian dari tim universitas untuk meningkatkan plot peneliti lain. Tim kami terutama menggunakan Matlab dan Illustrator. Hingga titik tertentu, Matlab melakukan pekerjaan yang lebih baik atau efisien dalam menampilkan elemen dasar dalam plot, termasuk menambahkan label sumbu, kutu sumbu, garis data, dan titik data. Setelah beberapa titik peningkatan plot, Illustrator bekerja lebih baik ketika datang untuk mengubah karakteristik elemen plot.

Saya percaya tim di Alam (jika ada) akan melakukan proses yang sama.

Gunakan Hanpuku

Saya baru saja menemukan Hanpuku, solusi terbaik di kelasnya untuk bekerja dengan visualisasi data. Saya tidak berpikir ada yang lebih baik daripada software yang luar biasa ini!

Ikhtisar Hanpuku

Jawaban lama

Saya ingin menjelaskan alur kerja menggunakan opsi ini yang disebutkan oleh user568458:

• Buat kode bagan berbasis web dalam sesuatu seperti D3, lalu ekstrak keluaran SVG dari peramban web, lalu buka ini di Illustrator dan selesaikan untuk dicetak di sana. The New York Times kadang-kadang melakukan ini, saya membahas ini dan cara mendapatkan warna CMYK yang tepat dalam pertanyaan lain ini .

Saya telah menyerah pada alat zaman perunggu Illustrator untuk melakukan bagan jawaban polling (kebanyakan grafik batang / kolom, diagram lingkaran dan plot garis). Illustrator tidak dapat menangani koreksi, perubahan kecil atau data terbaru - modifikasi apa pun merusak tata letak. Saya juga tidak dapat menentukan dimensi kunci yang harus tetap konstan di seluruh rangkaian grafik (tinggi batang, ukuran font, tinggi maks).

Lihat JSGraphs.com , banyak kerangka kerja JavaScript dibandingkan di sana, dan Anda dapat memilih yang paling cocok untuk proyek Anda.

Saya juga menggunakan python livereload ke kode langsung (refresh otomatis pada save, sebenarnya). Itu membuat segalanya bergerak lebih cepat! Arahkan ke folder proyek di command prompt / terminal dan ketik saja livereload. Semua file proyek sekarang dilayani dan dapat diakses di URL seperti http://localhost:35729/chart-01.html.

Butuh investasi awal untuk mempelajari kerangka kerja bagan, keanehan dan keterbatasannya, tetapi begitu beberapa bagan pertama Anda dibuat, Anda dapat menggunakannya sebagai templat, kadang-kadang hanya dengan memasukkan data baru, tidak mengubah apa pun.

Kerangka kerja saya akan menerima file CSV sebagai input, yang saya dapatkan dengan mengekspor dari file .xlsx. Memasukkan data baru dilakukan dengan mengubah satu baris kodeurl: 'resources/graph-02.csv'

Tema warna juga dapat dikelola dengan cara yang sama dengan file JSON.

Dari sini hingga memberikan EPS CMYK, banyak alur kerja dapat diotomatisasi.

Bergantung pada frameworknya, mengekspor ke SVG bisa semudah CtrlS. Jika tertanam di markup HTML sebagai elemen SVG Anda dapat mengekspornya dengan Playfair.

justinmanley / playfair: Menghasilkan grafik dan grafik dari baris perintah menggunakan d3 dan PhantomJS. .

Awalnya saya hanya menggunakan alat otomatisasi UI yang akan mereplikasi enter-URL-save-as-enter-next-URL-save-as-monyet-bekerja untuk setiap file dalam folder - AutoHotkey atau WASP untuk PowerShell .

Untuk batch mengkonversi SVGs ke file EPS CMYK saya membuat tindakan di Illustrator.