Instal R di direktori saya sendiri

34

Bagaimana saya bisa menginstal versi R baru di direktori saya sendiri, misalnya /local/data/project/behi,.

software-installation not-root-user pengguna3925736
sumber
1
Anda mungkin dapat melakukannya dengan mulai dari sumber; tetapi jika Anda harus bertanya, saya kira Anda tidak sanggup melakukannya. Beri tahu kami sistem apa yang Anda jalankan, dan mengapa Anda tertarik dengan versi baru.
vonbrand
Instalasi khusus versi menggunakan kode sumber jauh berbeda dari instalasi menggunakan YUM atau APT. Itu tergantung pada versi OS dan jumlah dependensi yang perlu dipenuhi agar instalasi berhasil diselesaikan. Saya telah mendokumentasikan instalasi R 3.3.3 pada SLES11 SP3 di hashprompt.blogspot.com/2017/06/… Semoga ini dapat membantu Anda menginstal pada sistem linux.
Baban Gaigole

Jawaban:

43

Cara termudah untuk melakukan ini adalah menginstal R dari sumber :

$ wget http://cran.rstudio.com/src/base/R-3/R-3.4.1.tar.gz
$ tar xvf R-3.4.1.tar.gz
$ cd R-3.4.1
$ ./configure --prefix=$HOME/R
$ make && make install

Langkah kedua hingga terakhir adalah langkah kritis. Ini mengkonfigurasi R untuk diinstal ke dalam subdirektori dari direktori home Anda sendiri.

Untuk menjalankannya di Linux, macOS dan sistem serupa, tambahkan $HOME/R/binke PATH. Kemudian, perintah shell seperti Rdan Rscriptakan bekerja.

Di macOS, Anda memiliki alternatif lain: buatR.app dan instal ke Applicationsfolder pribadi pengguna Anda . Anda perlu menginstal Xcode untuk melakukan ini.

Anda mungkin mempertimbangkan untuk memberi --prefix=$HOME. Itu menginstal R di tingkat atas direktori home Anda, sehingga Rdan Rscriptbinari berakhir $HOME/bin, yang kemungkinan sudah ada di pengguna Anda PATH. Kelemahannya adalah itu membuat pencopotan pemasangan nanti menjadi lebih sulit, karena R akan disatukan di antara konten Anda yang lain $HOME.

(Jika ini adalah hal pertama yang Anda instal $HOME/bin, Anda mungkin harus logout dan kembali untuk mendapatkannya PATH, karena sering ditambahkan secara kondisional hanya jika $HOME/binada pada saat login.)

Pola umum ini berlaku untuk sejumlah besar perangkat lunak Unix yang dapat Anda instal dari kode sumber. Jika perangkat lunak memiliki configureskrip, mungkin mengerti --prefixopsi, dan jika tidak, biasanya ada beberapa alternatif dengan efek yang sama.

Fitur-fitur ini umum karena sejumlah alasan. Dalam mengurangi urutan kemungkinan, menurut pengalaman saya:

  • Default aman ( /usr/local) tidak tepat $prefixdi semua situasi. Keadaan mungkin mendikte sesuatu yang lain seperti /usr, /opt/$PKGNAME, dll

  • Sistem pembangunan paket biner ( RPM , DEB , PKG , Cygport ...) biasanya membangun dan menginstal paket ke direktori pementasan khusus, kemudian mengemasnya sedemikian rupa sehingga memperluas ke lokasi instalasi yang diinginkan.

  • Kasing Anda, tempat Anda tidak bisa rootmenginstal perangkat lunak ke lokasi yang khas, jadi Anda menginstalnya $HOME.

Warren Young
sumber
1
Saya akan merekomendasikan ./configure --prefix=$HOME/R --enable-R-shlibuntuk memastikan Anda mengkompilasi perpustakaan bersama R. Kalau tidak, RStudio akan mengeluh.
akhmed
Tidak berhasil saya. Script berakhir denganconfigure: error: --with-readline=yes (default) and headers/libs are not available make: *** No targets specified and no makefile found. Stop.
ApproachingDarknessFish
@ApproachingDarknessFish: Itu tidak ada hubungannya dengan pertanyaan ini atau jawaban saya. Anda kehilangan prasyarat yang diperlukan untuk membangun R di sistem Anda dengan opsi yang Anda pilih. Khususnya di sini, Anda kehilangan perpustakaan pengembangan readline. Jika Anda memiliki lebih banyak masalah, kirim pertanyaan baru.
Warren Young
8

Anda juga dapat menggunakan aplikasi pembungkus Renv .

kutipan

Manajemen Versi R Sederhana: Renv

Renv memungkinkan Anda dengan mudah beralih di antara beberapa versi R. Ini sederhana, tidak mencolok, dan mengikuti tradisi UNIX alat tujuan tunggal yang melakukan satu hal dengan baik.

Renv tidak ...

  • Memungkinkan Anda mengubah versi R global berdasarkan per pengguna.
  • Berikan dukungan untuk versi R per proyek.
  • Memungkinkan Anda mengganti versi R dengan variabel lingkungan.
slm
sumber
1

Bangun dari sumber dengan ./configure --prefix=/local/data/project/behi ; make ; make install

Jika Anda menginstal dari paket RPM dan itu dibuat relocatable, Anda bisa menggunakannya 

rpm ... --prefix /local/data/project/behi

Tetapi tidak semua paket dibangun dengan binari yang dapat dipindahkan, dan saya tidak berpikir paket debian memiliki opsi ini (walaupun Anda mungkin berhasil dpkg --instdir).

Dani_l
sumber