Output dari model logistik di R

10

Saya mencoba menafsirkan tipe model logistik berikut:

mdl <- glm(c(suc,fail) ~ fac1 + fac2, data=df, family=binomial)

Apakah output dari predict(mdl)peluang keberhasilan yang diharapkan untuk setiap titik data? Apakah ada cara sederhana untuk menabulasi peluang untuk setiap tingkat faktor model, daripada semua titik data?

James
sumber
Bisakah Anda lebih tepat tentang apa yang Anda maksud dengan tabulasi silang OR? Faktor Anda memiliki lebih dari dua level?
chl
Ya, masing-masing faktor memiliki 3 dan 6 level. Saya menginginkan tabel berapa prediksi odds untuk setiap kemungkinan kombinasi fac1dan fac2.
James
Ok, jawaban Bernd baik-baik saja dengan saya. Mungkin lihat Designpaket dari Franck Harrell; ini memiliki fungsi yang sangat bagus lrm()untuk GLM dan hal-hal terkait.
chl

Jawaban:

14

Halaman bantuan untuk

predict.glm

status: "Jadi untuk model binomial default, prediksi default adalah log-odds (probabilitas pada skala logit) dan 'type =" response "' memberikan probabilitas yang diprediksi". Jadi, predict(mdl)kembalikan log (peluang), dan menggunakan "type =" response "mengembalikan probabilitas yang diprediksi. Anda mungkin menemukan contoh mainan ini instruktif:

> y <- c(0,0,0,1,1,1,1,1,1,1)
> prop.table(table(y))
y
  0   1 
0.3 0.7 
> glm.y <- glm(y~1, family = "binomial")
> ## predicted log(odds)
> predict(glm.y)
        1         2         3         4         5         6         7         8 
0.8472979 0.8472979 0.8472979 0.8472979 0.8472979 0.8472979 0.8472979 0.8472979 
        9        10 
0.8472979 0.8472979 
> ## predicted probabilities (p = odds/(1+odds))
> exp(predict(glm.y))/(1+exp(predict(glm.y)))
  1   2   3   4   5   6   7   8   9  10 
0.7 0.7 0.7 0.7 0.7 0.7 0.7 0.7 0.7 0.7 
> predict(glm.y, type = "response")
  1   2   3   4   5   6   7   8   9  10 
0.7 0.7 0.7 0.7 0.7 0.7 0.7 0.7 0.7 0.7 

Mengenai pertanyaan kedua Anda, Anda mungkin ingin memeriksa efek-paket http://socserv.socsci.mcmaster.ca/jfox/Misc/effects/index.html oleh John Fox; lihat juga artikel JSS-nya "Menampilkan Efek dalam R untuk Generalized Linear Models" (hlm. 8-10).

Bernd Weiss
sumber
Luar biasa! Ini persis apa yang saya cari, terima kasih!
James