Bagaimana membandingkan dua dataset dengan plot QQ menggunakan ggplot2?

11

Baik sebagai statistik dan pemula R, saya telah mengalami waktu yang sangat sulit untuk menghasilkan qqplots dengan rasio aspek 1: 1. ggplot2 tampaknya menawarkan kontrol yang jauh lebih besar terhadap plot daripada paket plotting R default, tapi saya tidak bisa melihat bagaimana melakukan qqplot di ggplot2 untuk membandingkan dua dataset.

Jadi pertanyaan saya, apa yang setara dengan ggplot2 dari sesuatu seperti:

qqplot(datset1,dataset2)
psychemedia
sumber
Ggplot2 docs mungkin membantu: docs.ggplot2.org/current/stat_qq.html
Charlie

Jawaban:

12

Hal termudah untuk dilakukan adalah hanya melihat cara qqplotkerjanya. Jadi dalam tipe R:

R> qqplot
function (x, y, plot.it = TRUE, xlab = deparse(substitute(x)), 
    ylab = deparse(substitute(y)), ...) 
{
    sx <- sort(x)
    sy <- sort(y)
    lenx <- length(sx)
    leny <- length(sy)
    if (leny < lenx) 
        sx <- approx(1L:lenx, sx, n = leny)$y
    if (leny > lenx) 
        sy <- approx(1L:leny, sy, n = lenx)$y
    if (plot.it) 
        plot(sx, sy, xlab = xlab, ylab = ylab, ...)
    invisible(list(x = sx, y = sy))
}
<environment: namespace:stats>

Jadi untuk menghasilkan plot kita hanya perlu mendapatkan sxdan sy, yaitu:

x <- rnorm(10);y <- rnorm(20)

sx <- sort(x); sy <- sort(y)
lenx <- length(sx)
leny <- length(sy)
if (leny < lenx)sx <- approx(1L:lenx, sx, n = leny)$y
if (leny > lenx)sy <- approx(1L:leny, sy, n = lenx)$y

require(ggplot2)
g = ggplot() + geom_point(aes(x=sx, y=sy))
g

qqplot menggunakan ggplot2

csgillespie
sumber
2
ggplot2memang punya stat_qq(), apakah ada cara untuk menggunakannya? Tampaknya dirancang untuk membandingkan satu vektor dengan distribusi teoretis, saya tidak bisa melihat bagaimana menggunakannya untuk membandingkan dua vektor yang berbeda.
Ken Williams
7
Anda benar-benar bisa qqplot()melakukan semua sort/ length/ approxperhitungan untuk Anda: d <- as.data.frame(qqplot(x, y, plot.it=FALSE)); ggplot(d) + geom_point(aes(x=x, y=y))
Ken Williams
9

Saya menggunakan ini ketika saya juga ingin garis normal.

ggplot(data, aes(sample = data$column1)) + stat_qq(color="firebrick2", alpha=1) + geom_abline(intercept = mean(data$column1), slope = sd(data$column1))

KLDavenport
sumber
0

Jika kebutuhan awal Anda hanya untuk mengontrol rasio aspek, berikut adalah satu cara untuk melakukannya:

x <- rnorm(1000)
y <- rnorm(1500, 2)

myqq <- function(x, y, ...) {
  rg <- range(x, y, na.rm=T)
  qqplot(x, y, xlim=rg, ylim=rg, ...)
}

myqq(x, y)

plot myqq

Ken Williams
sumber