Mengintegrasikan notebook jupyter (ipython) ke notebook mode-org

10

apakah ada cara saya bisa menghubungkan notebook jupyter (ipython) ke notebook mode-org? Dengan cara yang sama file lain (gambar) dapat dibawa? Jika mungkin, apakah output juga terlihat dalam catatan (dan input dapat dijalankan?), Atau hanya kode itu sendiri? Panduan dummy akan jauh lebih dihargai karena saya baru mengenal emacs dan mengonfigurasi berbagai hal tidak mudah.

Saya menghabiskan sebagian besar waktu saya di notebook Jupyter dan mencoba mendokumentasikan berbagai langkah sebagai tutorial untuk rekan-rekan yang mungkin ingin mereproduksi metode saya (kadang-kadang potongan kode disertakan) serta mendiskusikan temuan dalam notebook mode-org. Ini murni karena notebook mode-org memiliki antarmuka yang jauh lebih baik dengan bagian / subbagian otomatis dan mudah diakses oleh siapa saja (misalnya HTML). Jika seseorang ingin memeriksa sensitivitas beberapa parameter lain, itu akan jauh lebih baik untuk memiliki kemampuan untuk mengubah kode dalam mode-org (tanpa perlu beralih ke Jupyter) dan angka-angka output secara otomatis dihasilkan (sama seperti Jupyter) atau output lainnya. Sering kali, saya harus mengekspor berbagai grafik dari Jupyter untuk dapat dibawa ke mode org. Saya berharap apakah saya dapat beralih ke mode org sepenuhnya dan melakukan semua pengkodean di sana.

Contoh notebook jupyter dengan banyak output dan grafik diberikan di sini , Anda perlu menginstal seaborn karena tidak datang sebagai paket standar jika Anaconda digunakan.

org-mode ipython jupyter Curtis
sumber
Saya tidak yakin apa yang Anda coba lakukan? Ipython menyimpan notebook-nya sebagai ipynb, ini hanya json sehingga harus lurus ke depan untuk menulis parser untuk mengubahnya menjadi file org txt. Saya tidak yakin apakah mereka sudah ada. Di sisi lain, jika Anda ingin tetap di emacs dan dalam mode org maka ada paket emacs og-ipython. Ini memungkinkan Anda untuk menggunakan blok src dalam mode org untuk berinteraksi dengan kernel ipython, menjalankan kode, plot output semua dalam emacs. Ini yang saya gunakan sebagian besar karena saya menolak untuk meninggalkan emacs! Semoga ini membantu. github.com/gregsexton/ob-ipython
Seeralan S
1
John Kitchen telah menulis ox-ipynb yang tampaknya melakukan hal seperti itu. Saya belum menggunakannya, tetapi mungkin patut dicoba. kitchingroup.cheme.cmu.edu/blog/2017/01/21/… Dan karena Anda baru, ada baiknya menyebutkan tutorial, C-h tdan, jika Anda cenderung, Pengantar Emacs Lisp adalah bacaan yang sangat baik: gnu. org / software / emacs / manual / eintr.html
Lorem Ipsum
Saya senang menulis tutorial untuk melakukan ini untuk membantu orang lain melakukan Penelitian Reproduksi! Apakah Anda memperbarui pertanyaan Anda dengan beberapa contoh kasus penggunaan sederhana dan alur kerja. Misalnya, apakah Anda ingin menarik file ipynp ke mode-org? Hasilkan file ipynp dari mode-org? Kedua? Bukan? Cara Anda memperbarui pertanyaan Anda harus menyertakan jawaban mengapa Anda ingin melakukan ini. Misalnya, kolaborasi dengan orang lain yang tidak menggunakan emacs + org-mode. Semoga sukses!
Melioratus
Terima kasih atas semua komentar Anda. @Melioratus - kunci penggunaan yang diperbarui seperti yang diminta.
Curtis
Terima kasih! Pembaruan Anda sangat membantu! Menulis tutorial ini akan menjadi pengalaman belajar yang menyenangkan bagi saya! Apakah Anda memiliki notebook Jupyter dengan beberapa grafik yang dapat saya gunakan untuk referensi untuk membuat file mode-org dengan fungsionalitas serupa. Tautan ke contoh notebook Jupyter akan sangat membantu untuk membatasi ruang lingkup tutorial.
Melioratus

Jawaban:

4

Nathaniel Nicandro baru-baru ini merilis paket emacs jupyter untuk lebih mengintegrasikan mode-org dengan jupyter. Seperti disebutkan dalam readme:

emacs-jupyter memperluas fitur ob-ipython dengan mengintegrasikan lebih banyak dengan mode-org dan menyediakan antarmuka REPL yang lebih baik ke kernel.

prash
sumber
Ini adalah jawaban yang lebih baik, saya pikir, daripada ob-ipython, untuk alasan yang saya sebutkan dalam komentar saya ke @ user3496846.
Trey
1

Lihat ob-ipython : Pustaka Emacs yang memungkinkan mode Org untuk mengevaluasi blok kode menggunakan kernel Jupyter (Python secara default) , mungkin itu yang Anda cari. Jalankan kode pada kernel ipython jarak jauh dengan Emacs dan orgmode memberikan contoh dasar menggunakan perpustakaan itu, dan ada lebih banyak artikel terkait di situs itu juga.

pengguna3496846
sumber
1
Lihat juga github.com/dzop/… sebagaimana disebutkan dalam jawaban @ prash di bawah ini. Terutama karena perkembangan tampaknya telah menghentikan ob-ipython (setidaknya seperti yang terlihat dari GitHub), dan Nathaniel Nicandro telah memperbarui versi kode ob-ipython yang digunakan dalam emacs-jupyter, tampaknya itu merupakan penerus alami, jadi mungkin merupakan penerus alami, jawaban yang lebih baik dalam hal ini. The README.org saja harus menunjukkan apa yang dapat dilakukan, itu cukup mengesankan!
Trey
@ Andy aku tidak menyadari yang ini, terima kasih untuk semua yang ada di atas!
user3496846